其时后金政府关于天花的防治方法便是阻隔，把患病的人离隔，汉地创造的种痘方法此刻后金还不知道，短少有用的防治方法。1631到1632年后金又一次大范围盛行天花，史料记载：“时国人多出痘”。瘟疫盛行，后金也中止对明边境的进攻，连一些活动和典礼都纷繁撤销。1632年末，皇太极之兄，四大贝勒之一的莽古尔泰去世，皇太极连葬礼、祭坟等典礼也不敢参与。虽然皇太极各样防备，最终仍是因天花而死。
清军入关之初，由于不服水土，汉人数量的增多，交相感染，患天花者日积月累。为了避免感染，清廷命令，但凡出痘的汉人，均被驱赶到京城四十里之外。其时许多患天花的人会集在城南，天灾人祸，不忍目睹。
虽然清政府想尽一切方法防治天花，可是依然无法阻挠病况的延伸。到顺治十八年正月初七，年仅24岁的顺治皇帝由于天花死于养心殿。天花是一种致死率很高的病毒，并且发病也快。五天前，顺治前往今日北京法源寺，观看他的心腹宦官吴良辅削宣布家的典礼(为什么皇帝要亲身观看?)回宫之后，就卧病在床，天花发生，“患痘势将不起”。由于皇宫封闭了音讯，民间对此猜想纷繁，猎奇心思加上关于满清的抵挡，所以各种臆造猜想纷繁出笼，平常信佛的顺治由于忽然逝世，在民间就说成了落发，至今都还议论纷纷。
顺子虽然有八个儿子，可是有四个现已早夭(普遍认为也是天花所造成的)，剩余的最大的一个是次子，也只要9岁。最终三子玄烨被选做承继人，原因也很简单，玄烨从前出过天花，能够不再为防治天花而头疼。
