嘉庆二年三月，王聪儿、姚之富兵分三路，进入河南，袭南阳，攻嵩县，并数次打败清军。该部活动规模从一省扩至楚、豫、陕三省，在跋涉中“不整队，不迎战，不走平原，唯数百为群，忽合忽分，忽南忽北”，以控制清军之势。
同年五月，三路大军会师于镇安，在表带铺大北清军，击毙护军统领阿尔萨瑚，不久又在王家坪设伏，重创跟随而至的清军。六月，王聪儿，姚之富率军强渡汉水后，兵分三路入川，穿越大巴山，抵达通江、达州，在东乡于四川义师会师。
嘉庆二年八月，王聪儿、姚之富所部由兴山北上，再攻襄阳。清廷急速集结重兵赴援，此次攻取襄阳的方案再度失利，王聪儿、姚之富率军进入陕西，与从四川北上的李全、樊人杰部在兴安会师。
为了抵挡义师分股活动作战，清廷责成参与围歼的将领“各办各贼”，令宜绵抵挡四川的王三槐、徐天德部;令额勒登保抵挡覃加耀部;令惠龄、恒瑞、庆成抵挡李全、樊人杰部;令德楞泰、亮堂等追缴王聪儿、姚之富，并且“劲兵健马，俱在德楞泰、亮堂一路”。
为了打破清军的围歼，王聪儿、姚之富兵发四路反击。嘉庆三年(1798)初，王聪儿、姚之富开拔汉中东部，招引清军，高均德一路强渡汉水后穿越秦岭，直逼西安，德楞泰、亮堂不得不率兵驰援汉中，王聪儿、姚之富乘机从西乡奔石泉，在黑石头渡汉水。该年三月，王聪儿等与高均德等会师。李全、王廷诏一路则从城固北上，出宝鸡、岐山。
王聪儿、姚之富所部被清廷视为“贼中首逆”，清军会集优势军力追剿。该部入陕后一向被围追堵截，终究八九千人被困山上，王聪儿、姚之富在围住无望的情况下，跳崖身死。但高均德，王廷诏、樊人杰等仍旧带领部转战川、楚、陕。
嘉庆四年(1799)，高均德部在四川被消除;六年(1801)，王廷诏在川陕接壤的鞍子沟兵败被杀。直至嘉庆七年(1802)，樊人杰在竹山被歼，这支起事的义师才被完全消除。
王三槐、寒天禄以及其他义师的兴衰
别的一支白莲教的主力王三槐、寒天禄部，被清廷视为“川匪最悍者”，彼等所居“川东数州县，皆界连汉南巨细巴山，连绵千余里”。嘉庆三年头，王三槐、寒天禄等于清军大战于云阳、开县之间，断清军粮道，致使清军缺饷两月，乡勇四散。紧接着又在梓潼庙、九龙山、铁索桥、金盆池一带连续大北清军。
清军在武力打压的一起，又采取了招降的手法以分裂义师的实力。王三槐由于经不住清廷招降的引诱，于嘉庆三年八月，去清军大营商洽招安事宜时，被拘捕解京处死。当这支义师仍在寒天禄的指挥下与清军对立。该年十一月，清军围住安平坪，因寨中粮食将尽，寒天禄诈称请降，以麻木清军，乘夜围住。后来，义师尽管元气大伤，但一向出现在巴山蜀水。
白莲教起义后，清廷召唤地方官吏安排团练、乡勇合作清军作战，又在追剿义师的进程中实施“坚壁清野”的战略。自嘉庆六年(1801)下半年，遍地义师被限制在川、楚、陕接壤处转战。在这种极为困难的活动作战中，一支支义师相继堕入失利：
嘉庆六年头，王廷诏在川陕鸿沟的鞍子沟被俘，解送京师;该年四月义师领袖马学礼、高天得在大宁二郎坝被俘;同年八月，义师领袖冉天士、王世虎在简池坝被杀;嘉庆七年(1802)六月，樊人杰部在湖北房山战胜，杳无踪影;七月，苟文明在宁陕厅花石岩被围，无法围住，跳崖身亡;嘉庆八年(1803)三月，冯天保战死;九年(1804)，苟文润所带领的额终究一支义师被击退，苟文润、苟朝九等被俘遇害。
历时九年的白莲教起义，终究被清军打压，但清廷为此也付出了巨大的价值：耗银二亿两，陕、湖、川三省动拨米345万石有奇，加上山西、江西、安徽、湖南等省的调拨，消耗无算。但更重要的是，白莲教起义给了“乾隆盛世”的丧命一击，撕开了大清王朝虚伪的盛世面纱。
