其次便是尚书台与三公之间的联系，这个官僚系统之所以会在东汉年间得到强化，其底子意图便是为了限制三公。据《后汉书》记载可得知，原为尚书令的代伏湛，居然可以在三公的引荐下，升任为大司徒，所以单从尚书令从职位上看，它要低于三公。可是《后汉书·郭镇传》有记载，尚书令可以凭仗手中威望，免除三公;这是由于他们直接听命于行政中枢方位的皇帝，所以他们的实官僚远高于空有高位的三公。
除此之外，尚书令为了确保皇权的正常行进，它在外戚与宦官之间，也曾产生过重大效果。东汉中期宦官、外戚专政层出不穷。其时尚书令，为了根除外戚窦氏及其翅膀，不吝于无关的政治实力联手，一起与外戚擅权打开奋斗。在完全根除外戚擅权之后，尚书令又将锋芒对准了宦官擅权，虽然尚书台在大都尚书令的领导下一向站在坚决反抗换官的政治立场上，可是宦官依然凭仗自己手中视力操控过尚书台，这让尚书令在政治奋斗中的效果就被大大削弱。
可是从尚书令坚决的政治立场可以看出，他们是永久站在皇帝立场上的一方，究竟尚书令的权利来自于皇权，这使得他们有必要依靠皇帝而存在，如若没有了这层人身依靠联系，尚书令底子就不具有行政权、决议计划权等多种权利，这才是皇帝可以真实掌控尚书令的缘由地点。
