此刻，蒙古现已鼓起，我国北方的西夏和金朝现已消亡，我国南方只剩下宋朝和大理国尚存了。1244年，蒙古出动戎行灵关，征伐大理，段祥兴派高禾迎战，高禾战胜而死。蒙古人的进攻打破了大理国300年来无外患的形势，宋朝也现已遭到蒙古人的进攻，现在的宋朝和大理国可谓是一对难兄难弟，两国本该结盟，共抗强敌，但是宋朝自保姑且费劲，更不用说帮助大理国了，面临外患，大理国只能单枪匹马了。
1251年，段祥兴逝世，给儿子段兴智留下了一个反常扎手的烂摊子。1252年，蒙古大汗派弟弟忽必烈征伐大理国，忽必烈率军穿越吐蕃二千多里无人之地，历经重重困难，终究渡过大渡河，进入了大理国。
蒙古灭大理路线图
忽必烈屡次派使者招降段兴智，段兴智都拒不屈服，还杀了忽必烈的使者。段兴智派相国高泰祥防卫金沙江，忽必烈一面派戎行与高泰祥坚持，以招引高泰祥的注意力;一面派戎行绕过高泰祥的防地，直捣大理城。高泰祥闻讯大惊，急忙回救大理城，但已为时过晚，忽必烈随后顺畅霸占大理城，在统失逻捉拿高泰祥，1253年，蒙古人又霸占鄯阐，捉拿段兴智，享国315年的大理国至此消亡。
蒙古人在管理云南时，使用段氏的声威安稳当地大众，赦宥段兴智，录用段兴智为世袭总管，与蒙古将领一同管理自己的家园。段兴智逝世后，蒙古人又录用段兴智的弟弟段实为总管，持续管理云南。这以后，一代代段氏子弟承受蒙古和元朝的录用，守护着自己的家园，直到元朝消亡。
