单纯的埃斯梅拉达对菲比斯一见钟情，便与他约会。二人约好见面的当天，副主教克罗德悄然跟随。出于妒忌、报复心思，克罗德用刀刺伤了菲比斯，受惊过度的埃斯梅拉达当即昏倒，克罗德当即逃跑，并将罪过嫁祸给不幸的女孩。所以，无辜的吉卜赛女孩因杀人罪而被拘捕，她还认为菲比斯已死，也堕入了无比苦楚中。承受审判的时分，埃斯梅拉达起先当然不愿供认罪名，但后来被屈打成招，她受不了“穿铁靴”的酷刑，供认了罪过，因而被法庭判处绞刑。当晚，案子的真凶——阴恶的克罗德来到监狱，向不幸的埃斯梅拉达表达了自己的爱意，并以带她脱离为条件，想逼埃斯梅拉达就范，但是被女孩断然拒绝。
第二天，埃斯梅拉达被押赴刑场时，看见曾对自己情意绵绵的菲比斯跟一个女子在路旁边袖手旁观，一副事不关己的姿势。沉重的冲击使她简直昏倒在地。此刻，一向静静爱着她的钟楼怪人卡西莫多挺身而出，劫了法场，把埃斯梅拉达从绞刑架上救下，抱进了巴黎圣母院内蔽了起来，并对她照料有加。阴恶的克罗德对埃斯梅拉达仍不死心，他找到女孩房间的钥匙，深夜潜入屋子预备奸污埃斯梅拉达。紧迫关头，女孩吹响了卡西莫多交给自己的哨子。敲钟人及时赶到，漆黑中将潜入者扔出屋去。月光下，他突然发现这个妄图凌辱埃斯梅拉达的男人竟是他一向尊敬的克罗德副主教。恼羞成怒的克罗德气冲冲地脱离，妒忌之情在他心中越发激烈。他下定决计：假如自己得不到女孩就将她消灭。
法庭得知死刑犯被劫的音讯后大为动火，又遭到教会的挑动，所以扬言一定要缉捕少女，派官兵处处搜捕。乞丐们闻讯后，都纷繁前来解救，决议冲进圣母院救出埃斯梅拉达，杀死卡西莫多。专心想要稳固王位的国王路易十一得知暴乱的真实意图后，下了一道“把布衣杀尽，把女巫绞死”的诏令，坚决打压暴乱，致使圣母院门前横尸遍地，周罔变成了一片血海。无赖汉们攻击主教堂的时分，埃斯梅拉达正在睡觉，吵醒后看见面前站着两个黑衣人。一个是她的“老公”格兰瓜尔，另一个则一向默不作声，带着他们来到滩边坐船脱离。泊岸之后，格兰瓜尔带着女孩的山羊脱离，而埃斯梅拉达则被陌生人拉着，一路狂奔，来到了广场中心的绞刑架前。陌生人掀起风帽，女孩这时才认出这正是多次妄图侵略她的副主教克罗德。这位副主教对埃斯梅拉达进行终究要挟：要她在自己和绞刑架之间作挑选。又一次被拒绝后，他把女孩交给一位隐修女看守，自己则去找禁卫军告密。垂暮的隐修女无意间发现眼前这位美丽的姑娘竟是自己寻找了15年的女儿。戎行也在这时赶到，领队的正是菲比斯。悲喜交集的母亲奋力维护自己的女儿，在一阵紊乱中，头撞石板而死。而无辜的姑娘终究也没能逃脱被绞死的厄运。
卡西莫多发现埃斯梅拉达不见了，焦急地四处寻找，他想起只要副主教克罗德有通到塔上的楼梯的钥匙;他又记起副主教那天黑夜对少女的狙击;他记起了成千的细节概况，判定埃斯梅拉达被副主教绑架了。但是长时间以来，他关于那牧师是这样的敬重，他对这人的感恩、崇拜和倾慕，现已深深印到心里。疑问、绝望、痛心，种种爱情纠结在了一同。正在此刻，他发现了克罗德的身影，所以跟随他来到塔顶，亲眼看见埃斯梅拉达被绞死。伤心欲绝的卡西莫多理解了全部，他无比愤恨，从背面用力将这位虚伪、凶恶的副主教从圣母院的塔顶推了下去。
大约两年之后，人们在掩埋死刑犯的地穴发现了两具骷髅。一具是一个女子的，另一具骨骼倾斜，以独特的姿势抱着女骸骨。人们想把他从他所搂抱的那具骨骼分隔来时，他瞬间化作了尘土。