至此，纪纲逐步升级为皇帝的意志代言人，逐步难掩盖其飞扬跋扈的一面。某次，锦衣卫指挥使和靖难名将薛禄争夺美女。最后竟手持铁瓜将对方暴打一顿，差点弄死这位资历和官阶都比自己高许多的功勋之臣。时任浙江按察使的周新，也因得罪了纪纲而被诬陷逮捕，最终惨遭处斩极刑。
然而，正因为这种一人之下万人之上的尴尬地位，让纪纲最后难逃杀身之祸。某年的端午节时，群臣应邀比赛射柳枝。纪纲便和锦衣卫镇抚庞瑛商量，让自己上场时故意射偏，但对方还要装出命中目标的假象。为的就是看看群臣中有谁敢出来指出真相。结果当庞瑛大声鼓噪纪纲射中，果然没有大臣愿意挺身而出。纪纲也因测试结果而变的更加肆无忌惮，却在不知不觉中逾越了底线。
这次指鹿为马的闹剧让朱棣顿感震怒，暗中开始准备消灭自己最得力爪牙。1416年，皇帝授意几名太监站出来控告纪纲的各种不法勾当。如指控纪纲扣留给朱棣充实后宫的美女享用，并蓄养亡命之徒并秘密制造大批制造盔甲武器。尽管这些指控大都是含糊不清的夸张捏造，却也是皇帝表达要彻底铲除纪纲的宣言。都察院接手案件后，审理不到1天就匆忙结案。堂堂锦衣卫指挥使就以“谋大逆”的罪名被立即凌迟处死，享受了兔未死狗已烹的最高待遇。
纪纲死后，朱棣有鉴于锦衣卫建设工作所出现的诸多问题，转而倚重由宦官控制的东厂来加以制衡。但他做梦也没想到的是，这些宦官和依附的特务组织，会迅速成为明朝的一个不可抗顽疾。这些位高权重的阉人，将替代由武人组成的锦衣卫，将特务统治推上史无前例的历史高峰。
