而且随着战场逐步远离当地的主要水系，秦军的后勤困难又再次显现出来。一些建立不久的临时据点，很快因为附近的百越人袭击而与外界失去联系。只要没有劳师动众的增援，小股秦军的后勤就可能被完全切断。但在大军离开后，当地土人的包围又会继续下去。
然而，最后首先坚持不住的却不是秦军而是对面的西瓯等部族。由于长期的战争，他们的日常生活生产都受到了严重影响。秦军可以不用估计破坏当地环境与产业，但百越人却在战争中损失更多。
如果不能尽快将秦军赶走，他们就会面临严重的生存危机。这些因素迫使游击战大师们主动走出山间营地，向看似已经虚弱不堪的秦军发起最后一击。
公元前218年，西瓯军队在夜里悄然向秦军的驻扎地摸索前进。秦军很快就发现了来者不善，并迅速组织起抵抗。但已经四面楚歌的兵士，早已疲惫不堪，对于蓄势待发的西瓯部族的无法形成有效抵抗。
秦军在此时一直还坚持只从中原战场带来的大规模战阵。但这种需要各类步兵混编配合，甚至用战车和骑兵掩护两翼的作战模式，很难适应岭南地区的狭小战场。之前由于对手人数不多，秦军也很少考虑进行大规模正面交战。现在却发现自己完全难以施展。
相反，虽然百越军队被中原人视为不善阵战，却能够更好的在林地进行突击。在北方战场上可能被视为不合格的阵法，在百越当地却可以形成连续不断的冲锋。西瓯等百越联军，也就用这种对手很难接受的方式，击败了南下秦军。
至此，第一次秦吞百越之战就以秦军惨败而结束。秦军在兵力和战力占据绝对优势的情况下，还是输掉了这场战争。
