三教互相渗透，尽管魏晋南北朝时期中国文化的发展趋于复杂化，但儒学不但没有中断，相反，却有较大发展。孔子的地位及其学说经过玄、佛、道的猛烈冲击，脱去了由于两汉造神运动所添加的神秘成分和神学外衣，开始表现出更加旺盛的生命力。
魏晋南北朝的学术思潮和玄学思潮来说，都在一定程度上反映了当时一部分知识分子改革、发展和补充儒学的愿望。他们不满意把儒学凝固化、教条化和神学化，故提出有无、体用、本末等哲学概念来论证儒家名教的合理性。他们虽然倡导玄学，实际上却在玄谈中不断渗透儒家精神，推崇孔子高于老庄，名教符合自然。此时期虽然出现儒佛之争，但由于儒学与政权结合，使儒学始终处于正统地位，佛道二教不得不向儒家的宗法伦理作认同，逐渐形成以儒学为核心的三教合流的趋势。
南北朝时代，在思想文化领域出现了不同于两晋时期的新形势，玄学思潮归于沉寂，佛道二教继续发展。佛教大量译经，广泛流行，渗透到政治、经济、社会、民俗及文化的各个层面。儒学面临严峻挑战。由于佛教的急剧膨胀，使原来儒、玄、佛、道的相互关系及其历史格局发生新的变化。儒家学者在思想、文化上的批评焦点，由老庄玄学转向佛教，出现了大批反佛思想家。
