此时的小巴图孟克可以说是不幸的，家族长辈都在内讧中死去了，就连他的母亲都抛下他改嫁了，但万幸的是，满都鲁可汗的遗孀满都海福晋将其置于自己的保护下，不但抚养其成人，还在公元1480年宣布其为新的大汗。更为难得可贵的是，满都海福晋作为一女人，亲自率军出征，彻底消灭了仇敌卫拉特部，为巴图孟克日后统一漠南蒙古，成为蒙古的“中兴之主”奠定了基础。
巴图孟克是蒙古帝国统治时间最长的大汗，前后在位38年整。公元1517年，巴图孟克去世，终年44岁，其长孙博迪继承了大汗位。此时虽然广大的领土都已被巴图孟克众多子孙瓜分完了，但蒙古帝国的大汗位却一直稳固在巴图孟克的长支后裔中传承，一直历经博迪汗、库登汗、札萨克图汗、布延彻辰汗，最后到蒙古的末代大汗林丹汗。
林丹汗并不是一个昏庸无能的可汗，他试图恢复蒙古的统一，重建成吉思汗的霸业，可此时东方的通古斯人(女真族)正在崛起，对他产生了巨大的威胁。为此，他采取了联明抗金的方针，对内则谋求控制蒙古其他部队，而且他以“攘外必先安内”为原则，优先进行对蒙古的统一，避免与后金正面交锋。
公元1627年，林丹汗西迁，平定了右翼诸部。公元1632年，后金皇太极讨伐林丹汗，林丹汗远遁青海。两年后，林丹汗因天花病死在青海大草滩，终年43岁。翌年，其子额哲投降后金，整个漠南蒙古完全纳入了后金帝国的版图，至此，蒙古帝国也永远的消失了。
