在慢慢夺去杨素实权的同时，文帝对柳述等人日渐宠信。这样，仁寿中的这些政治变动使得杨广集团曾经有过的优势再度失衡，拥重兵而“阴怀异图”的杨谅，以及被废为庶人的杨勇，都有可能重整旗鼓取杨广而代之，在这种局势下，为了保护来之不易的太子之位，杨广就不得不先下手为强杀害了自己的父亲。
另外，有学者认为隋文帝并非是杨广所杀，他是病死的。
持这一观点的学者首先对《大业略记》和《通历》提出了批评。他们认为这两本史书本身存在许多常识性的错误。比如《大业略记》不但把绯闻案的女主角搞错了，而且将二十一日发丧误作十八日。甚至说杀文帝的首犯是宰相杨素，次为左庶子张衡，用的是毒药，这一点也没有任何一本史书能够提供证据。《通历》也是如此，试想在文帝与百官诀别的庄严时刻，身为太子的杨广怎么可能跑到别室去非礼陈夫人?而且文帝明知杨素是杨广集团的核心人物，怎么可能让他去召杨勇废杨广?
再者，行凶的手段为“拉杀”，且“冤痛之声闻于外”，这样的暗杀也太过于明目张胆了。基于以上种种疑点，加上《大业略记》的作者赵毅为初唐人，在隋末唐初的特定历史环境中，人们普遍对隋炀帝深恶痛绝，在记述文帝死因问题上不可避免要掺杂个人的思想感情，以期引起人们对隋炀帝的憎恨。《通历》的作者马总生于中唐，他的记载很多地方经不起推敲。既然杀文帝时左右没有人，冤痛之声怎么会闻于外?所以，《大业略记》和《通历》似市井流言，不足为凭。
即使是司马光在《通鉴》中引用了《大业略记》的记载，也慎重地注明“今从《隋书》”。至于《隋书》卷36《后妃·宣华夫人陈氏传》的记载，也只是宣华夫人的一面之辞，并非源于档案材料。北朝隋唐受胡俗影响，存在收纳父妾的风气，再加上如前所述，陈夫人与杨广早有“渊源”，有可能这时两人的感情发展较深，所以陈夫人被调戏一事的可信度还有待商榷。
除此以外，学者们认为还有许多理由可证明隋文帝并非杨广所杀。自仁寿四年春，文帝已退出政治舞台，这时隋炀帝虽位居太子，实际上已成为摄皇帝。朝廷之事，“事无巨细，并付皇太子”，隋炀帝用不着再冒杀父罪名;七月，文帝已病入膏肓，不久即将离开人世，杨广继位已是时间问题，没有必要再弑其父。况且一个生命垂危的病人，已对杨广构不成任何威胁。
此外，根据文献的记载，自杨广继太子之位起，与其父的关系一直很融洽。他的才干和魄力受到文帝的赏识，两人之间没有利害冲突。再就仁寿宫所处的地理位置而言，杨广与杨素的卫兵一旦控制宫禁与交通，则一切尽在掌握之中。杨广应该不会愚蠢到谋杀垂死的父亲，授人以致命的把柄。
事实上大家都可以发现，以隋为鉴的唐太宗君臣，没有一个指控隋炀帝弑父。当年，如火如荼的隋末大起义，成千上万的民众揭竿而起，不少隋朝官僚也趁势反叛，在全国上下一派声讨声中，亦没有一人指责隋炀帝弑父这一颇具鼓动性的罪状。
被后人指控为杀害文帝的凶手张衡，史书上称他“幼怀志尚，有骨鲠之风”。虽然他曾为隋炀帝夺得太子之位出谋划策，但是到后来由于他反对隋炀帝建造汾阳宫和谤讪朝政而被赐死于家中。后唐高祖李渊认为他“死非其罪”，替他平反，并赐给他“忠”的字号。如果张衡果真是弑君凶手，唐高祖决不会替他平反，因为这关系到国家赖以维持秩序的伦理道德问题。
那么，不是死于他杀，又到底是怎么死的?学者或认为文帝确如史书所说是因病而死，死前作好了后事的安排。也有人认为是因晚年纵欲过度而亡。独孤皇后死后，文帝惑于宣华、容华这两位年轻的女人，身体每况愈下。病重期间，文帝才意识到：“如果皇后在，我不会变成这种地步的。”但这一切太晚了，贪恋女色，导致了他的驾崩。
