可方孝孺反问：“请问成王现在哪里?”朱棣道：“他已自焚而死。”方孝孺接着问：“那为何不立成王之子?”朱棣道：“国家应当有一个年纪大的国君才行。”方孝孺不依不饶：“为何不立成王之弟?”朱棣说：“这些都是我们朱家的事情，先生不必为此多虑。”随即示意左右把文房四宝交给方孝孺，说道：“我的即位诏书，非出自先生的大手笔不可。”
方孝孺接过笔砚后，狠狠地甩在地上，斩钉截铁地说：“死即死耳，诏不可草!”，一直压着怒火的朱棣终于爆发了：“你不怕死，难道你就不怕被诛灭九族?”方孝孺回答道：“便十族奈我何!”朱棣勃然大怒，他无法容忍一个手无缚鸡之力的读书人，竟敢如此强硬顶撞他。
盛怒之下，朱棣当场命人用刀把方孝孺的嘴割破，一直割到两耳根，然后又关回监狱。随后的日子，朱棣开始大肆逮捕方孝孺的宗族门生，每捕到一批人，都让他们一个个从方孝孺眼前走过，方孝孺心中虽痛，可他却假装镇静，头都不抬。
朱棣把方孝孺的九族全部捕获之后，方孝孺仍不肯降服。此时，怒火中烧的朱棣已完全失了理智，他疯狂地将方孝孺的朋友、学生乃至一切与方孝孺有关的人单独列为一族，与九族加起来合称“十族”，共计873人，当着方孝孺的面，全部磔杀(砍成碎块)于市。方孝孺是最后一个受刑，被磔杀于聚宝门(今中华门)外。行刑前，他还写下一首绝命词：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用猷。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求?呜呼哀哉，庶不我尤!”。
