另一种说法是顺治帝生天花而病死在宫中。清朝入关时，天花流行，疫病泛滥，人们并没有很好的办法来对付这种传染病。顺治十八年(1661)正月初二日，京城沉浸在春节的欢庆气氛中，这天顺治帝前往悯忠寺观看他的亲信太监吴良辅削发出家仪式。下午回宫后，顺治帝觉得十分烦躁，伴有高烧，遂卧病在床，实际上已感染了天花病毒。宫女、太监们奉命撤去刚刚挂上的门神、对联、彩灯、彩带。
正月初四日，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患了天花病，并“传谕民间毋炒豆，毋燃灯，毋泼水”，外界官民始知顺治帝得了天花。初六日，顺治帝感到自己活不长了，“患痘势将不起”，急命太监传谕大学士麻勒吉、学士王熙速到养心殿记录遗嘱。王熙等垂泪从命，在床前草就遗诏第一段，见顺治已累得疲惫不堪，奏请皇帝暂歇，待他们拟就之后，再请皇帝御览。二人赶紧到乾清官西朝房连夜起草遗诏，然后又赶到养心殿呈皇帝过目。
顺治帝勉强挣扎着将遗诏修改了三遍，直到次日才定稿。初七日，病情更重。傍晚，下诏释刑狱。半夜里，“圣驾宾天”，24岁的顺治帝崩逝于养心殿。天花夺去了一位正值春秋鼎盛年的皇帝的性命。这种观点认为由于顺治帝年纪很轻，且得天花后发病极快，仅病五天就不治身亡，所以在民间出现了种种谣言和猜疑，甚至故意渲染他平时的好佛，把他说成到五台山“出家”了。
第三种看法实际上是对上述两种观点的折衷。即既承认顺治帝好佛，也承认顺治帝得了天花去世，但认为他没有出家。1657年，年仅20岁的顺治结识了当时的一个高僧憨璞聪，原本就十分笃信佛教的他更加热衷佛事。此后，他又先后结识了木陈、玉林、茚溪森等高僧，与他们过从甚密，对佛教达到了痴迷的程度，频频召他们进宫讲经说法，而且亲执弟子之礼，还让玉林给他起了个法号“行痴”。
董鄂妃死，他的感情受到了极大创伤，于是整天沉迷于佛法之中，除召见茚溪森等和尚外，在不到两个月的时间里38次造访他们，时常作彻夜长谈，昏昏欲睡。后来他决意隐遁佛门，摆脱尘世中的烦恼，终于在1660年10月初，坚请茚溪森为自己举行净发仪式，准备到五台山当和尚。但这激起了整个朝廷的恐慌，孝庄皇太后为首的诸王贝勒们慌乱不堪，急忙设法阻止。
这时吴兴报恩寺的主持玉林接到朝廷诏书，说皇帝出外骑马受到惊吓，让他前来证道。他到了北京，听说自己的弟子茚溪森为皇帝进行了剃度，勃然大怒，在宫外某寺架起柴堆，下令捆缚茚溪森，打算当场用火烧死。顺治见状无奈，只得向玉林表示自己愿意重新留发，不再出家了。
痛失爱妃，想出家又不成，顺治整日郁郁寡欢，本来身体已十分虚弱的他再也支撑不住了。不久他又染上天花，在短短的几天中离开了人间。
