恰巧那个时候汉武帝一直生病，久治不愈。江充就以上疾祟在巫蛊为由，在全国各地制造冤假错案，抓捕与巫蛊之术有关的人，这就是第二起巫蛊案。据《资治通鉴·汉纪十四》记载：“自京师、三辅连及郡、国，坐而死者前后数万人。”
第二起巫蛊案牵连人数多达数万人，从京师都地方都有人牵连。为何第二起巫蛊案牵连这么多人，汉武帝却没有制止?
这其实和当时的社会环境有关，据《资治通鉴·汉纪十四》记载：“是时，方士及诸神巫多聚京师，率皆左道惑众，变幻无所不为。”
巫蛊之术，在古人眼里就是邪门歪道。当时，从事这类行当的人已经充斥了整个汉朝，其中以京师和皇宫最多。这些人把整个大汉朝弄得乌烟瘴气，作为统治者，汉武帝的这种做法有点类似一刀切，杀!所有有关巫蛊之术的邪门歪道全部处死，在汉武帝的眼里，只要全国上下的人都怕了，那么巫蛊之术就可以在社会上消失了。
但是，这在江充的眼里就成了汉武帝惧怕巫蛊之术，江充借着这股东风，查完了皇宫外部，就开始着手查皇宫里面，一直查到刘据的行宫，诬陷刘据使用巫蛊之术诅咒汉武帝，刘据害怕江充恶人先告状，假传圣旨把江充等人杀了。
后来，刘据的行为被有心人扩大，造谣说是谋反，汉武帝发兵平叛，刘据兵败，自杀身亡。事实上，刘据谋反的事情被坐实是苏文等小人趁刘据与汉武帝不能见面，故意栽赃的，汉武帝起初根本没把刘据谋反的事当回事，因为刘据谋反的事情传到汉武帝的耳朵里时，汉武帝是这样说的：“太子必惧，又忿充等，故有此变。”
正常情况下，儿子起兵造反，身为父亲首先的反应一定无法相信，或者愤怒。但是汉武帝就好像知道刘据会杀了江充一样，对刘据的做法没有丝毫的惊讶。特别是故有此变，仿佛是在和众人解释太子这样做的理由似的。也就是说，在汉武帝的心里，汉武帝早就知道刘据会杀了江充。
汉武帝会有这么想法，唯一的解释就是：汉武帝只是想借江充之手彻底清除社会上的巫蛊之术，将与巫蛊之术有关的邪门歪道赶出汉朝，但汉武帝也明白自己的做法过于狠毒，与刘据的性格不符，等查到皇宫以后，刘据被逼急了一定会杀了江充等人。
若是太子刘据知道汉武帝内心的真实想法，或许应该能够侥幸存活，毕竟汉武帝并没有把刘据造反的事情当真。然而，一切都晚了，汉武帝借助巫蛊案铲除了刘据背后的外戚势力，本意是为太子刘据继位铺平道路。但是却造成刘据失势，被小人一步步逼向造反的道路，最终惨死。一手培养的接班人，葬送在自己的手中，成为汉武帝一生的愧疚。
