公孙贺案结束后，武帝为疫病所困，长居远离长安的甘泉宫中。江充目睹武帝已年老，怕他死后太子继皇位报复自己，在丞相刘屈氂的支持下，决定借公孙贺一案罗织陷害太子和卫皇后。《汉书·江充传》记：“(江充)奏言上疾祟在‘巫蛊’”。“于是上以充为使者治巫蛊。”他面见武帝，说武帝生病的原因是由于遭受巫蛊。于是武帝授权江充成立专案，对“巫蛊”作进一步调查。
案子愈查愈大，以致武帝“疑左右皆为蛊祝诅”。江充乘机指使胡巫檀何欺骗武帝说：“皇宫中大有蛊气，不除之，上疾终不瘥(chài，病愈)。”武帝相信其言，指令江充入宫穷治，又派按道侯韩说、御史章赣、黄门(宦者)苏文等协助江充督办。
江充接受在长安大规模调查“巫蛊”一案的指令后，“知上意”久已不满卫氏集团，于是任用了一批来自匈奴和西域的“胡巫”。值得注意的是，这些胡巫多来自汉朝的敌国匈奴。“胡巫”与江充相勾结，罗织陷害，株连牵引数万人，通过查“巫蛊”，把一个长安城搞得乌烟瘴气。
最终，则将调查矛头引向皇宫中的卫太子和卫皇后。《汉书》记：“充将胡巫掘地求偶人，捕蛊及夜视，视鬼，染污令有处，辄收捕验治，烧铁钳灼，强服之。民转相诬以巫蛊，吏辄劾以大逆无道，坐而死者前后数万人。”
江充亲自带领胡巫入宫搜查。“入宫至省中，坏御坐掘地。”“充先治后宫希幸夫人，以次及皇后、太子宫，掘地纵横，太子、皇后无复施床处。”
结果，江充果真在太子宫中掘出了桐木人和写有咒语的帛书，他得意洋洋地宣告：“于太子宫得木人尤多，又有帛书，所言不道，当奏闻。”
其实，太子宫及皇宫中所发现的巫偶，全部都是江充指使胡巫及宫人所预先设置。
《汉书》颜师古注引“《三辅旧事》云：‘(江)充使胡巫作而埋之。’”“张晏曰：‘(江)充捕巫蛊及夜祭祠祝诅者，令胡巫视鬼，诈以酒辍地，令有处也。’师古曰：‘捕夜祠及视鬼之人，而(江)充遣巫污染地上，为祠祭之处，以诬其人也。’(《汉书·武五子传·戾太子刘据》记：“(江)充典治‘巫蛊’，既知上意，白言宫中有蛊气，入宫至省中，坏御座掘地。上使按道侯韩说、御史章赣、黄门苏文等助充。充遂至太子宫掘蛊，得桐木人。”王先谦《汉书补注》：“掘得桐人六枚，尽以针刺之。”
眼看冤案就要罗织到自己和母亲卫皇后身上，太子情急，乃征求左右幕僚的意见。太子少傅石德劝刘据诛杀江充。他说：“先前的公孙贺父子、两位公主及卫伉家人都已受陷害被杀。现在胡巫又来陷害太子，已挖到了木偶。皇上不会知道这是胡巫所设置，会认为我们真在诅咒他，我们无法自白洗清。我们与其坐而等死，不如动手杀掉江充和胡巫。难道太子忘掉前朝秦始皇的太子扶苏受冤屈而死的事情了吗?”
此时江充逼太子甚急，太子在情急下同意石德所言。七月壬午，太子派人假冒使者收捕江充等人。江充助手按道侯韩说怀疑使者身份，不肯受诏，被来人杀死。太子派人禀告皇后，又分发武器给侍卫，搜查全城涉嫌巫蛊之人，并向百官宣布江充谋反。太子随即杀死江充，处死上林苑中的巫蛊术士。
但是百密一疏，让苏文侥幸脱逃，向武帝控诉太子起兵谋反，武帝开始并不相信：“太子必惧，又忿充等，故有此变。”派使者召太子，但使者不敢到太子那里，回报武帝说“太子反已成，欲斩臣，臣逃归。”
父子终于失去了最后的沟通机会。被苏文等人连续欺骗两次后终于上当的武帝大怒，下令丞相刘屈氂率兵平乱。太子纠集了数万人，与丞相军激战五日，死者数万人。最终，太子势孤力弱而兵败，唯有逃离长安。皇后自杀，太子宾客多人亦被捕杀。
此时武帝暴怒，然而臣下却惧而不言，壶关三老茂上书曰：“太子进则不得见上，退则困于乱臣，独冤结而无告，不忍忿忿之心，起而杀充，恐惧逋逃，子盗父兵，以救难自免耳。臣窃以为无邪心。”“智者不敢言，辩士不敢说，臣窃痛之!唯陛下宽心慰意，少察所亲，毋患太子之非，亟罢甲兵，无令太子久亡!臣不胜惓惓，出一旦之命，待罪建章宫下!”
