廷臣争言俞大猷军事干才，遂于1556年以俞大猷代浙江总兵官。
俞大猷在西庵、沈庄、清水洼、黄浦等战役连获大胜，诏还世荫，加都督佥事。继败盘踞舟山之贼。
后来，俞大猷又取得大同、兴化大捷。兴化大捷班师后，俞大猷偕友人游清源山，在水流坑清源古道石旁刻下《俞大猷兴化平倭崖记》：
明嘉靖癸亥岁季春，钦差镇守福建、南赣、惠潮兼郴桂、南韶地方都督俞大猷，提兵往兴化剿陷城倭寇。岁次竣事班师，偕友人游诸洞。
俞大猷不但长于军事，且精通六经，守金门、武平时，都建“立马读易轩”，读书授众不绝。
俞大猷一生的思想，当可归入闽学一派。他把闽学思想中的积极成分付诸实践，其治军，以《易》来指导剑术和战阵法式，以儒家的忠、义、仁、信等取信于士兵；其理民事，亦以儒家的仁、信等来折服百姓；其在抗倭战争中的杰出表现，主观上是激发民族正气，发扬朱熹的攘夷思想，以卫护我国的主权不受侵犯。
