1864年7月，攻入天京后，湘军大肆劫掠一番，六朝古都化为灰烬。考虑到功高震主，朝廷猜忌，曾国藩为表明“忠臣”之心境，决定裁撤湘军，将绝对嫡系部队“吉字营”六万余人全部遣散回籍。“吉字营”主帅曾国荃，号称剿灭太平军第一猛将，也辞职回家，躲避舆论风波。湘军大量裁撤，但曾国藩却将最能打的鲍超所部“霆军”2万余人留下，作为湘军集团之支柱。
“霆军”由湖北巡抚胡林翼授命鲍超组建，以招募地痞、流氓、天地会、无产者、散兵游勇为主，野战能力在湘军中排名第一，但纪律也是最糟糕。1867年，尹隆河之战：“霆军”居功第一，结果所部被遣散，湘军最精锐部队从此消失，曾国藩集团势力受到沉重打击，李鸿章淮军集团唱主角。
尹隆河之战，淮军遭受围攻，鲍超率军解围
1867年1月，清军与“捻军”在湖北尹隆河进行决战，双方都精锐尽出，悍将云集。此战，清朝最精锐的鲍超“霆军”、刘铭传“铭军”悉数上阵，总计兵马3万余人。“捻军”集团则是遵王赖文光、鲁王任化邦、魏王李蕴泰、首王范汝增，基本全是精锐骑兵，其中任化邦最猛，被李鸿章誉为“项羽再世”，天下使用骑兵第一人。
交战之初，刘铭传率14000兵马分三路渡过尹隆河，摧毁沿岸防御工事，一路追杀赖文光。谁知，“捻军”预先设下埋伏，引诱刘铭传追击，任化邦则专门攻击“铭军”薄弱之处，剪除淮军两翼，然后包抄中路刘铭传部。激战中，刘铭传麾下首席大将唐殿魁阵亡，任化邦集中骑兵精锐，将刘铭传围困在阵中。
刘铭传眼看战局不可收拾，便脱下官服，席地而坐，就等着被俘虏了。此时，鲍超率“霆军”18000余人分三路杀来，抄袭“捻军”后路。赖文光、任化邦也聚集兵马，与“霆军”展开肉搏战，斩杀湘军悍将14人。但是，“捻军”已经精疲力尽，无法抵挡“霆军”持续不断地攻势，被迫撤出战场。
刘铭传埋怨鲍超“迟到”，向李鸿章诉苦
关键时刻，鲍超“霆军”投入战斗，刘铭传躲过了一劫，否则近代史上将少一位民族英雄。按理说，刘铭传应该感谢鲍超“救命之恩”，没有“霆军”,刘铭传肯定被俘虏，淮军集团势力也大受影响。但是，刘铭传不但没感谢，还向主帅李鸿章“诉苦”，说鲍超故意“迟到”，想置淮军于死地。李鸿章呢？直接参劾鲍超“故意延期”，清朝下旨严责：“误由鲍超未照约会分路进剿，致令刘铭传骇退挫败，鲍超更不得辞咎”。
那么，鲍超是不是故意“迟到”呢？按照战前协议，刘铭传、鲍超应该同一时间出发，但刘铭传为了抢占“首功”，提前一小时出兵，结果遭到埋伏。不过，也有人说鲍超“霆军”早已抵达战场，坐观淮军与“捻军”厮杀，没有第一时间投入战斗，坑了刘铭传。再则，尹隆河之战后，鲍超将被“捻军”俘获的淮军军用物资交给刘铭传，是一种侮辱，是对淮军的挑衅。
曾国藩没有出面，鲍超意气用事，辞职回家
鲍超是否故意“迟到”，各方看法不一，但鲍超毕竟救了刘铭传，也算是“将功补过”，对淮军有救命之恩吧。“霆军”被参劾，作为湘军最高主帅的曾国藩又是如何表态呢？朝野上下指责“霆军”，将攻击矛头对准湘军集团，曾国藩并未出面求情，就当是“局外人”。原因很简单：“霆军”纪律太差，成员之中还不缺乏哥老会（清朝死敌），这对曾国藩而言是一颗“定时炸弹”。再则，朝廷对曾国藩猜忌很深，若是出面求情，只会让局势更加不可收拾。
曾国藩不出面，李鸿章淮军集团则步步紧逼，非要将“霆军”这颗钉子拔除，让淮军集团独霸晚清军政舞台。朝野上下，没有核心大员支持鲍超，朝廷也是一心偏袒淮军。如此，鲍超恼怒不已，以身体不适为由，辞职回重庆奉节老家，以示抗议。清朝并未挽留，同意辞职，并对“霆军”进行大洗牌。如此，李鸿章集团赢得第一局胜利，湘军处境不妙。