然而盛世之下，暗流涌动。最明显的危机是官僚系统的无能和腐败。乾隆晚期，贪腐无孔不入，多有窝案串案发生。第二次金川之役中，一个小小的松崗站站员居然一次侵占公款近9万两。后来连乾隆自己也不得不承认：“各省督抚中廉洁自爱者，不过十之二三。”况且，在贪腐乱局中，乾隆本人也无法置身事外。比如从和珅制定的议罪银制度中，乾隆自己就得到了几百万两白银，而给大清造成的损失要以亿万计。
此外，乾隆时期中国人口从1亿增长到3亿，随之而来的地力耗尽、食物短缺、物价上涨、贫困蔓延，几乎无法避免。这导致乾隆末期民间不满情绪日益累积，频繁爆发大大小小的起义，社会出现动荡。
在杨原看来，晚年的乾隆关注着这一切，但已力不从心。他带领国家走向农业社会的顶峰，是一位成功的守成之君，但无法承担社会转型的重任。在面对18世纪工业化和全球化潮流时，乾隆选择“间年外域有人来，宁可求全关不开”，是因为所在环境决定其治国策略和思维习惯。“很遗憾，这是时代和制度的局限。”杨原说。
宁寿宫最终没有等来归政的乾隆。嘉庆四年（1799年）2月7日，乾隆去世，享年89岁。最后几年里，他依旧住在象征皇权的养心殿，依旧大权独揽，“训政如常”。90年后，常住宁寿宫的主人变成了慈禧太后，她常来这里听戏。比起光芒四射的乾隆盛世，此时的紫禁城阴云笼罩，被洋枪洋炮攻破国门的大清，早已风雨飘摇。
