腓力二世及罗马天主教对玛丽·斯图亚特的支持，激化了伊丽莎白一世与之的矛盾。伊丽莎白一世将她囚禁了18年并最终斩首。
腓力二世支持伊丽莎白一世的政敌，伊丽莎白也支持荷兰等地腓力二世的反对者。不但如此，还以股份制的形式，组建了私掠船队，在大西洋沿岸抢劫西班牙的运宝船。另外还默许了海盗船抢劫西班牙船只的行为。
政治上、经济上、宗教上的巨大冲突和分歧，最后只有战争才能解决。
腓力二世得到了教皇的批准，开始筹备对英格兰的攻击行动。
玛丽·斯图亚特无法处理当时苏格兰复杂的政治形势，于1567年7月24日被废黜，1568年逃入英格兰，随即被伊丽莎白一世软禁。
玛丽·斯图亚特成了腓力二世向英格兰进攻的第一枚棋子。
腓力二世是一个虔诚的天主教徒，他进攻英格兰需要一个名正言顺的理由。于是承诺派兵支援原玛丽·斯图亚特的侍从官，安东尼·巴宾顿刺杀伊丽莎白一世的阴谋。
1586年巴宾顿回到英国后，给玛丽·斯图亚特写信，告诉了他们的计划。此时英国已建立起了较为完善的遍布欧洲的间谍网，巴宾顿与玛丽的来往信件全部被截获。
这就是历史上有名的巴宾顿阴谋（又译：巴比通阴谋）。巴宾顿于1586年被处决，而玛丽·斯图亚特也于第二年2月8日在北安普敦郡佛斯里亨城堡被斩首。
玛丽·斯图亚特成了西方第一位被砍头的君主，消息传出，教皇气急败坏，号召天主教徒与英国作战。
具有狂热信仰的腓力二世也有了出兵的理由，于是开始组建无敌舰队。
希言说
公元1588年5月28日（此时在中国是明朝万历十六年），西班牙国王腓力二世派出自己亲手打造的无敌舰队浩浩荡荡驶向英国，掀起了百年英西战争的第一个高潮。
这一战，即格拉沃利纳海战，被列入世界历史上的四大海战之一。
关于这一战的解读，人们常以“实力悬殊，以弱胜强”、“海盗的胜利”、“终结西班牙日不落帝国的决定性战役”来形容，实际上，这一战的意义远不止于此。
格拉沃利纳海战是英国作为一个真正独立自主的主权国家的立国之战。
