燕王起兵谋反的消息传到京师后，建文帝祭告太庙，削除朱棣宗室属籍废为庶人。由于朱元璋大肆诛杀功臣宿将，朝廷人才凋零无可用之将，朱允炆只好起用年逾古稀的老将耿炳文率军北伐，结果在滹沱河大败而归。
面对身经百战的燕王朱棣，偌大的朝廷居然没有一个可用之将，充分的说明朝廷在领导层的人才缺失。千军易得一将难求，年轻的建文帝终归还是书生意气，并没有做好藩王叛乱的准备，慌不择将最后居然任用了“素不知兵”的李景隆为帅。
李景隆
不得不说朱棣注定是天选之人，在与李景隆几十万大军交战之时，被南军将领瞿能、平安袭扰后军，陷入南军重重包围之中。就在战事危急时，一股旋风刮起，刮断了李景隆的帅旗，南军顿时大乱。朱棣抓住机会，绕到李景隆后方放火。南军大败，瞿能父子被朱高煦阵斩，李景隆几十万军马全军覆没，只身逃回南京。
在夹河朱棣与盛庸作战中，双方激战三四个时辰不分胜负，突然刮起了强烈的东北风，尘埃蔽天。兵力占优的南军顶著风沙，根本没法作战，燕军则乘风直下，盛庸大败退回德州。还有在朱棣进攻真定时，南军利用火枪弓弩大量射杀燕军，朱棣的帅旗都被射的像刺猬一样，结果又刮起猛烈的大风，南军又是大败而去，燕军斩首六万余级。
从白沟河、夹河到藳城，燕军三次得大风相助而胜，朱棣认为这是天命所在，非人力所能为。反观建文帝凭全国之力攻击燕地一隅，不仅被身边的庸才庸将坑到绝望，连自己也要坑自己，颁布“毋使朕有杀叔父名”的荒唐旨意，致使南军有多次机会可以消灭朱棣，却因惧怕皇帝秋后算账而畏首畏尾。
最终朱棣在收复宁王“朵颜三卫”的精锐骑兵后，一路南下打过长江，直抵应天皇宫。建文帝在叛军攻入皇宫后亦不知所踪，成为历史上的千古谜案。
