公元1644年，李自成大军浩浩荡荡地杀到天子脚下，义军将偌大的北京城围了个水泄不通。屋漏偏逢连夜雨，大明王朝最后的守备力量——二十万禁军遭逢瘟疫，所以，超过九成的士兵丧失战斗力，能登上城墙与闯军作战者仅剩六千余众。
明代京城城墙的长度约为十四公里，即便将所有可战之兵抽调到城墙上，也只能每五十步安插一名守军。这样稀疏的防线，想要挡住气势汹汹的农民军无疑是痴人说梦。当农民军突破外城，与明军展开巷战之时，意识到大势已去的朱由检带着十几个太监离开紫禁城，想要从齐化门处逃出生天。
然而，守军哪里认识大明天子？他们以为崇祯是迎接闯贼的内应，一通乱箭将皇帝太监赶了回去。无奈之下，崇祯只好带人跑到了安定门。虽说，安定门的守军已撤防，但门闩却被牢牢闭死，仅凭十几名太监根本无法打开沉重的门闩，太监以利斧亦无法劈开。
正是这根要命的门闩，成了大明王朝的休止符。三月十九日拂晓，大火四起，重返皇宫，城外已经是火光映天。此时天色将明，崇祯帝在前殿鸣钟召集百官，却无一人前来。
于是，崇祯帝说道：
“诸臣误朕也，国君死社稷，二百七十七年之天下，一旦弃之，皆为奸臣所误，以至于此。
朕在位十有七年，薄德匪躬，上邀天罪，致虏陷内地三次，逆贼直逼京师，诸臣误朕也。朕无面目见祖宗于地下，以发覆面而死；任贼分裂朕尸，勿伤我百姓一人。”
—— 《甲申纪闻·崇祯遗诏》
说完，崇祯帝在景山歪脖树上自缢身亡，死时光着左脚，右脚穿着一只红鞋，时年33岁，身边仅有提督太监王承恩陪同。
几天之后，农民军杀入内城，在紫禁城中大肆搜索，未曾发现前朝皇帝的踪影。三天以后，才有人在景山找到一具披头散发的尸体，尸体的左臂写着“天子”的字样。闯王抓来几个从宫里逃跑的太监，让他们辨认尸体的身份。经这些太监的辨认，此尸体正是崇祯皇帝无疑。
之后，大顺军将崇祯帝与周皇后的尸棺移出宫禁，在东华门示众，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之。”梓宫暂厝在紫禁城北面的河边，当地平民又将他合葬在田贵妃墓中。清军入关后，将他移葬思陵。也因此，现代人在讨论崇祯结局时，大多沿用了这一说法。
然而，一些史学家却对此持有不同观点。例如，俞平伯先生认为，崇祯死在了管园人的屋子里，且死前留下了一份感人至深的血书，要求李自成不要伤害京城里无辜的百姓；黄云眉先生则认为，朱由检的确是吊死的，可他并没有死在煤山上，而是北海公园里。
“巍巍万岁山，密密接烟树；
中有望帝魂，悲啼不知处。”
清人如猫哭耗子一般的悼诗，给我们留下了两大疑团。
首先，北海公园中亦有一座“万岁山”，难道此诗是在暗指朱由检死于北海公园？
其次，这里的“不知处”代表着什么？难道崇祯自尽的遗址未在煤山？
至于后人寻访了崇祯上吊自尽的原址，并指明了挂着白绫的老歪脖子树，甚至，将这棵无辜的植物称作“罪槐”，这实属满清统治者为笼络汉臣、汉民之心做出的面子工程。且看清军打着替先帝复仇的幌子南下入关，若不装模作样地替崇祯“打抱不平”。不过，满清统治者的面子工程显然做得不够充分，虽然，找到了杀害崇祯的“凶手”——“罪槐”，却没想着在此处立碑。
1931年，故宫博物馆于煤山立了一座名为“明思宗殉国处”的石碑，沈尹默先生亲自为崇祯撰写碑文。由于，当时的中日关系已极其紧张，抗战一触即发，所以，志向高洁的沈尹默先生特地在“明”字的“日”字旁中加入一横，写作“目”字旁，以此来抒发对日寇之不满。在解放后的一段特殊时期里，该石碑被红卫兵破坏，被拉到北京少年宫（景山寿皇殿）填井盖。