前文指出，利玛窦为了让基督教在中国更好地传播，已经做出了最大程度的让步，就是在尽可能不妨碍中国人“祖先信仰”及“儒学信仰”的基础上进行传教。然而，利玛窦的这一倡议却并未得到西方教会的支持，许多西方国家的教会都认为想要让基督教在中国传播下去，必须改变中国信徒骨子里的信仰。康熙二十七年，路易十四派法国耶稣会远渡重洋来到中国，于北京开设“法国耶稣会”。
但法国耶稣会的传教士违背了利玛窦立下的“利玛窦规矩”。到康熙四十三年，类似的情况再度上演，克雷芒教皇颁布教谕，打算禁绝中国教会祭祖、祭孔。毫无疑问的是，西方教会的动作让康熙极为不悦，他认为：教廷在挑战中国既定的规则和秩序。不过，此时的康熙仍未与西方教会撕破脸皮，而是派出传教士艾若瑟前往罗马，希望与教廷进行沟通，获取西方教会的理解。
然而，康熙的善意非但没能得到教廷的理解，反而招致教廷变本加厉的行动。到了康熙五十四年，克雷芒教皇重申禁令。可以说，换成任何一个封建帝王，都无法容忍西方教会的无礼。不过，康熙仍对西方教廷进行了最后通牒，召见了被派到北京宣布禁令的主教嘉乐，本着“朕原视中外一家，不分彼此”的原则尝试沟通。从这里可以看出，康熙对基督教起码对传教士还是有很深感情的。
遗憾的是，康熙的努力付诸东流，西方教会根本不领情。一再受到挑战的康熙不得不颁布了“不必西洋人在中国行教，禁止可也，免得多事”的诏书，下令禁止基督教。
至此，康熙与基督教之间的缘分就此画下句点。
值此之际，罗马教廷这才意识到皇权在中国的绝对主导地位，宣布可以对此作出部分让步。然而，没过多久康熙便驾崩了，接位的雍正对西方宗教的态度十分明确：禁止西方教会在中国传播。
从康熙帝与基督教之间的渊源来看，若罗马教廷不采取强硬的传教措施，而是沿着利玛窦给出的发展路线与中国礼教和谐并存，那么，基督教能在康熙朝推行下去吗？
一般来说，并无可能。
首先，不论利玛窦对教义进行怎样的诠释和改良，基督文化的根本与中国文化之间仍存在较大的不溶性。
黑格尔曾指出，基督教是一个“理性的宗教”，这里的关键在于“理性”二字。在长期的传播过程中，基督教的本质并未发生变化，始终维持其特色，也就是对造物主的绝对崇拜。我们可以将这种特色理解为基督教的完整性，亦可理解为基督文化的排外性。
且将基督教、佛教及道教放在一起进行比较。
佛教是一门出世宗教，基本不具备排外性，佛教内部极少会出现“异教徒”之类的排外思想。
道教虽然主导过几次“灭佛运动”，但在发展后期却对佛教兼收并蓄，在一些道教元素中我们可以看到道教引用佛教传说的痕迹。
这两大宗教都有一个特点，那就是兼容并包。因此，道、佛、儒才能在中国和谐并存，荣辱与共，成为中华文化的一部分。
相比之下，基督教强烈的排它性和“独一真神”的信仰，显然与中华文化格格不入，大有“有我无他，有他无我”之势。
其次，基督教是与政治相挂钩的宗教，与我国古代的封建专制存在强烈的排斥性。
基督教中存在强烈的政治氛围，整个宗教都是由罗马教廷所主导的，在罗马教廷以下还有数之不尽的教会。可以说，教会与西方国家的王权并驾齐驱，共同完成了对西方世界的统治。在神权与王权发生冲突时，教会与国家还会因此开战。
由此可见，倘若基督教传入中国的目的充满政治性，那么，罗马教廷势必会与中国皇室进行一场角逐。一个是世界上历史最悠久的封建皇权，一个是世界上组织最严密的宗教组织，二者之间的战争恐怕会上升到世界大战的层面，这是每个人都不愿见到的。
最后，也是最重要的一点，基督教与中国的国家利益格格不入。
虽然基督教的本质不变，但宗教本身已逐渐成为了资本主义控制世界的工具。在大航海时代，虽然传教士们往来各国时打着宗教的幌子，但最根本的目的却是获取利益。康熙时代基督教的传播，亦是西方教廷妄图入主中国的一次尝试。在近代帝国主义侵华中，我们能看到类似的情况发生。
