辽沈相继落入后金之手，明朝退守辽河以西，明朝上下笼罩着一片悲观、恐惧的气氛。天启皇帝此时才想起了熊廷弼，立即招其入京。任命熊廷弼为都御史，驻扎山海关，经略辽东军务，先前攻击熊廷弼的冯三元等人被罢官去职。
沈阳和辽阳失守后，山海关以东，辽东最重要的重镇就是广宁了。巡抚、总兵、镇守太监的办事机构都设在这里。熊廷弼一到任就提出了“三方布置”的思想。
一是，在广宁坚守与后金对垒于辽河之畔，二是，利用明军的水师从海上攻击后金的大后方，迫使后金回师救援，解除前线围困，则辽阳可复。三是，联系朝鲜，从侧翼牵制后金。其主要精神还是以“守为主，守后方可以战”的思想。但并非是一味被动的死守。而是先守卫辽东，恢复实力，然后再伺机出战恢复辽东。
熊廷弼的战略规划，扬水师之长，发展与明朝藩属李氏朝鲜的同盟，以广宁为一方重镇，在战略态势上完成了对后金的弧形包围，可谓视野开阔，谋略深远。
然而熊廷弼的战略规划，却遭到辽东巡抚王化贞的坚决反对。王化贞这个蠢货，是个典型的清流文官，刚愎自用，不通兵事，但却轻视后金，好说大话。他向中枢进言，狂言依靠抚顺叛将李永芳作内应，以蒙古部落虎墩兔为外援，六个月即可荡平后金。
但实际上，李永芳时已为后金国主努尔哈赤的额附，忠心耿耿效忠新主；蒙古虎墩兔虽时称助兵四十万，然从未出兵，只是空话敷衍而已。王化贞将希望寄托在这两者身上，无异于痴人说梦。
但王化贞因是首辅叶向高的门生，受到兵部尚书张鹤鸣的鼎立支持，所请无不允，独率大军十余万驻守广宁。而作为王化贞上司的熊廷弼，却遭到兵部尚书张鹤鸣的制和反对。“广宁有兵十四万，而廷弼关上无一卒，徒拥经略虚号而已”。
朝廷剥夺了熊廷弼的实际兵权，而把统兵权交给了王化贞指挥。由此导致熊廷弼只是辽东名义上的最高指挥官，实际上他直接可以统帅的军队却不足五千人，这导致熊廷弼的战略根本无法实施。
天启二年(1622)正月，后金进攻广宁，王化贞率领的明军果然全线崩溃，独熊廷弼率领率右屯五千兵保护民众民进入山海关。广宁之败次月，王化贞被逮捕下狱，熊廷弼也被停职等候处理。
当时熊廷弼认为自己奉旨守关，按照经、抚当时的分工，经略是守御山海关。巡抚是驻扎广宁，且自己并无实权。这场失败的主要责任是王化贞人。按律，王化贞罪应当诛，而对王化贞鼎立支持，排斥熊廷弼的张鹤鸣也罪责难逃。
但是明朝兵部指挥军事，多受言路挟制，言路又多由内阁决断，所以，天启初年辽东的进退，归根到底都必须经由内阁准允，而内阁“叶相国(向高)故与先生(熊廷弼)有隙，化贞又是其门人，中途疏称化贞才当专任，不宜受人节制。“
在当时特定的历史条件下，东林内阁首辅的好恶，通过本兵张鹤鸣直接操纵了辽东的兵权转移，影响了前沿的战略防守，从而决定了广宁之战的胜负。
广宁大败，内阁应负主要责任，是时东林主持内阁，要开脱内阁的责任，必须首先开脱兵部尚书张鹤鸣；要开脱张鹤鸣，必须置熊延弼于死地，作张的替死鬼，
因此，张鹤鸣虽引起公愤，但只是停职处理，毫无刑律处罚，熊廷弼则代人受过，必死无疑，天启二年四月会审，东林内阁有意歪曲广宁之战的军情兵势，孤立事实，罗织罪状。直接将熊廷弼打成了广宁之败的首魁，熊、王并论死，成为定案。
直到崇祯五年(1632)，东林党一朝天下，迫于公愤处斩王化贞，王临刑呼日：“奸臣尔，当日要杀熊廷弼，教我只管争功，今败事是汝等误我也”，算是直接揭露了真相。
天启三年，魏忠贤上位，将被东林党击败的齐楚浙三党整合为一党。为了打击东林党，魏忠贤借助熊廷弼这个案子，以莫须有的名义，污蔑熊廷弼行贿东林党人，将熊廷弼斩首，更是借机将东林党一网打尽。
