毓贤
面对义和拳的浩大声势，山东巡抚毓贤提出了“招抚”义和拳的主张，并将义和拳改称义和团，力图加以控制，以便与侵略者计价还价，伺机最后消弭人民反抗力量。森罗殿战役后，朱红灯率队撤回高唐、禹城、茌平等地活动。美、法等国驻华公使因毓贤对义和拳镇压不力，压迫清政府将其撤换。毓贤慑于帝国主义的巨大压力，在朝廷的督促下，于1899年11月派兵前往鲁西北保护教堂，逮捕了朱红灯和心诚和尚。12月，清政府撤换毓贤，改派袁世凯署理山东巡抚。毓贤于离任前两天（12月24日），杀害了朱红灯和心诚和尚。
袁世凯
1899年12月下旬，袁世凯率武卫右军七千人到山东就任，立刻下令严厉镇压义和团。他颁布了《严禁拳匪暂行章程》，并“与诸军约云：如匪至即开炮，必不汝咎；若匪至不痛击，则将领以下概正法”。他还进一步扩充马步炮队二十营，并与驻青岛的德国侵略军相勾结，兜剿拳民。同时又采用所谓“分别良莠”、“劝谕解散”、“惩办假团”等手段，对各地义和团成员进行分化瓦解和血腥屠杀，使成千上万拳民惨死在他的屠刀之下。对于袁世凯剿杀义和团向列强献媚的无耻罪行，山东人民恨之入骨。
义和团初期迅猛的发展得益于清廷的支持，在清廷态度转变后，许多义和团组织迅速消亡。 但是，义和团运动的丰功伟绩是不可磨灭的，有效阻止了帝国主义列强瓜分中国的意图，使他们不敢为所欲为，不得不来一个紧急刹车。更重要的是义和团运动有效地保存了中国数千来的灿烂文化，使我们中华民族这个文明古国得以在这个世界史上最大规模的掠夺领土的战争时代中存在下来。
