然而，这次进京前，明朝已经得知努尔哈赤与舒尔哈齐不和的消息。因此在舒尔哈齐进京后，封他为建州右卫的代表。建州右卫首领的地位，与努尔哈赤在明朝的地位旗鼓相当，这显然是明朝要舒尔哈齐削弱努尔哈赤势力的明白暗示。
舒尔哈齐完全没有觉察到明朝分裂他们兄弟俩的目的，反而认为自立的条件更加成熟。因此，在回到建州女真后，更加有恃无恐的建设黑扯木。努尔哈赤在得知舒尔哈齐要与自己分裂，投靠明朝后，再也无法忍受弟弟对自己权威的挑衅。他杀死了舒尔哈齐的两个儿子，剥夺舒尔哈齐的全部家产和兵力。
明朝设计挑拨努尔哈赤兄弟的是非
此时，舒尔哈齐知道哥哥要与自己彻底决裂了，赶紧依附明朝，希望能够帮他报仇。没想到，明朝并没有出手干预。失去所有帮助的舒尔哈齐，只能含恨回到建州女真向努尔哈赤谢罪。然而，对弟弟的认错，努尔哈赤再也不相信了。他将舒尔哈齐囚禁在暗无天日的住所，舒尔哈齐生不如死。两年后，舒尔哈奇死亡，时年48岁。
舒尔哈齐死于女真高层权利斗争。他的死因也流传有各种说法，有说是忧愤而死，有说是直接被努尔哈赤杀死。在清朝的官方档案中，对于舒尔哈奇死亡，只有含糊的记载，说他“不满天赐之安乐生活，遂于辛亥年8月19日卒”。
同许多宫廷谜案一样，舒尔哈齐的死成为了永远的谜。然而，在权力欲望的诱惑下，成为努尔哈赤敌人和对手的，不仅只有他的弟弟，还有他的儿子褚英。褚英战功累累，无论从嫡长还是战功，他都是努尔哈赤汗位的最佳继承人。
然而，从明万历41年后，所有的官方史料都找不到褚英的消息了。直到35年以后，人们才从《清世祖实录》中再次发现了有关褚英的记载，“褚英已因悖乱被置于国法”。都说虎毒不食子，那么努尔哈赤为什么会杀死自己，战功累累也是继承人的儿子呢？
努尔哈赤的儿子褚英太过跋扈
在《满文老档》卷三中，曾记载努尔哈赤严厉斥责褚英，说他“身为秉政长子，毫无均平治理汗父，委付大国之公心，离间汗父亲自举用，恩养之五大臣，使其苦恼”。
这又是从何说起呢？《满文老档》半遮半掩的记录，让褚英之死更添一丝神秘的色彩。
在努尔哈赤尚未指定继承人，他手下除了陪他出生入死的五大功臣外，他的儿子代善、莽古尔泰、皇太极都军功卓著。褚英虽然也骁勇善战，但心胸却比较狭窄，没有容人的气量。但努尔哈赤在諸子中对他最为喜爱。虽然深知褚英的性格缺陷，还是希望对他委以重任，希望在褚英执掌国政后，改掉心胸狭窄的毛病。
褚英在成为努尔哈赤继承人后，开始怀疑周围的人都窥探他的继承人位置。为了树立自己的威信，他强迫四位弟弟立誓，不得违背兄长的话。除此之外，更威胁五大功臣道：“你们如果不归顺我，到时候我将你们都杀了”。
五大功臣与四大贝勒感到将来一定会性命不保，因此决定联合起来将褚英赶下台。公元1613年，五大功臣和四大贝勒，将褚英威胁他们的事告诉了努尔哈赤。努尔哈赤深知儿子心胸狭隘的性格，但仍然抱有一丝希望，觉得也许众大臣确实有嫉妒之心。他对重大臣说，“我老了，记不清你们说了些什么，你们可各写一份奏章呈上”。
努尔哈赤杀死了儿子褚英
努尔哈赤这么做，就是希望叫来褚英当面对质，如果褚英不承认，那么便可以拿这些奏章教训。没想到褚英在看了这些奏章后不假思索地说，“我无言可辩”。对于儿子的不争气，努尔哈赤痛心疾首，为了后金政权的稳定，他不得不作出去除褚英继承人权利的决定。
此时，努尔哈赤正在全力征讨乌拉一族。作为惩罚，这次的征讨，努尔哈赤并没有带上褚英。然而，就在他征讨乌拉获胜归来时，却听到了一个消息，褚英将自己和五大臣以及弟弟们的名字，写在诅咒的表文上，望天焚之，并对旁边的部下说：“这一次我兵出征，希望败于乌拉。战败之时，我不许父汗和弟弟们入城”。
