军机大臣面承旨意后当即处理。首要传谕直隶总督袁守侗派出臬司郎若伊等前往博野拘捕尹嘉铨，处理检查事宜，其次拟写两通上谕:其一“明发”，经过内阁传谕中外将尹嘉铨治罪的原由;其二“廷寄”是指令在京大学士英廉“即速亲往紧密检查”尹嘉铨在京家产。两件旨稿经乾隆帝亲身核准后，一件发交内阁，一件由兵部封发，并作为“日行六百里”的急件，星夜驰送京城。
三月二十日天还未亮，大学士英廉便奉到行在军机处寄来的谕旨。依照旨意，他把书本函件作为査抄的要点。从二十日到二十二日用了两天时刻在尹家各屋中共查出版三百十一套、散书一千五百三十九本、未装订书本一柜、书板一千二百块，以及函件一包共一百一十三封。将这么多的函件会集到一间大室之中，专派两名“曾查处过书本之事”的翰林逐细搜检其间的“傲慢笔迹”。
作业到了这种境地，朝臣心里都理解，尹嘉铨之罪绝不只止于妄求谥典及从祀了。
乾隆四十六年四月十七日，大学士、九卿等在重复审问后，奏请将尹嘉铨依照大逆律凌迟处死，亲属照律连坐。理由是他“妄比大贤，托名讲学，谬多著作，以图欺世盗名，又复妄列名臣，颠倒是非，隐启朋党之渐，乃至僭妄称“古稀白叟”，种种狂悖不法，实堪切齿”。乾隆帝命加恩免其凌迟，改为绞立决，亲属一起加恩免其连坐。一起命各省查禁毁掉尹嘉铨著作或修改的著作共82种，他在各地的碑崖石刻及拓本也一概铲削磨毁。各省部查禁尹嘉铨文字著作的作业，从乾隆四十六年三月起，到当年十二月才根本完毕
公私分明，尹嘉铨尽管不免有些假道学，但总算是其时一个肯于考虑的人，至少在对雍、乾二帝的反朋党，对本朝名臣的点评等灵敏的政治问题上，与乾隆帝有不同的知道。这原本归于统治阶级内部正常的定见不合，乾隆帝却动用暴力手段加以无情的限制，从肉体上残暴地消除尹嘉铨，认为“全国偷盗虚名，妄生贰言者戒”。尹嘉铨的不幸结局不在于他道学不行纯粹，而是他还没彻底学会作一个服服贴贴、浑浑噩噩的奴才。假如他早生一百年，即在康熙时代，或晚生一百年，即在咸丰、同治时代，都有或许成为受人敬重的道学名臣我们。惋惜他生不逢时，又不识时局，成果以一个悲惨剧式人物留在了大清王朝文字狱的史载里。
