在她被判叛国罪之后——尽管玛丽自己也指出，她不是英国人，因此不能被判叛国罪——在巴宾顿阴谋之后，玛丽很快被判处死刑。1587年2月8日，她登上了在福瑟林盖城堡建造的断头台，尊严地向刽子手低下头。500名观众惊恐地看着刽子手挥舞了几下，最后才将她斩首。那一定是非常痛苦的死亡。
至少有一名目击者说，她的小狗被藏在她衣服的褶皱里，在发现它满身是血的女主人后，神情激动，一直不肯离开她的尸体。在玛丽生命的最后，她似乎至少还有一个忠实的朋友。
虽然玛丽会被处死是因为伊丽莎白担心她会篡夺王位，但因为伊丽莎白没有继承人，因此伊丽莎白把玛丽唯一的儿子詹姆斯作为她的继承人。当善良的贝斯女王于1603年3月24日去世时，苏格兰的詹姆斯六世，成为了英格兰的詹姆斯一世。因此，玛丽的儿子（詹姆斯一世）、孙子（查尔斯一世）、曾孙（查尔斯二世和詹姆斯二世）和曾曾孙女（玛丽二世和安妮）都统治着英格兰和苏格兰。斯图亚特王朝作为英格兰和苏格兰的王室，一直延续到1714年，当时的日耳曼堂兄弟——更多的是玛丽的后代——接管并统治汉诺威家族。现在王室的血管里，流着玛丽的血，而不是伊丽莎白的。
