冀州黄巾张角暴病而亡，更是大大冲击了黄巾士气。张梁接过统帅，皇甫嵩率官军狙击黄巾兵营，张梁阵亡。三万多黄巾军惨遭杀戮，五万多人投河而死，河水为之断流，张角被剖棺戮尸。张宝也随即兵败于下曲阳而阵亡，十余万黄巾军被杀戮。起义以失利告终。
起义虽被东汉朝廷打压，但汉室威信自此遭受严峻冲击，汉灵帝死不悔改，反而持续吃苦。之后各地起义数不胜数，发生许多涣散的实力。黄巾起义得最大影响是导致汉灵帝下放权利，滋长地方军拥兵自重，各群雄互相攻击，逐鹿中原，乃至东汉皇帝在军阀手中好像无物，所以黄巾起义是促进东汉消亡的导火索，这正拉开了三国年代的前奏。
