在准分子激光全固态放电激励系统、多级数磁脉冲压缩开关、精确同步控制方法等核心技术研究上取得突破，创新设计并研制出国内首套用于光刻光源的全固态脉冲放电激励系统，解决了集成电路光刻用准分子激光高重频和长寿命难题；
在高功率准分子激光技术研究上，研究开发了激光腔体的大面积均匀放电电场控制技术、激光气体的高速流场设计技术、激光腔体的材料优化及自清洁系统技术等多项具有自主知识产权的创新技术，解决了工业级准分子激光大功率输出的瓶颈问题，并在此基础上研制了国内最高功率水平的工业级准分子激光器，实现了氯化氙准分子激光百瓦级激光输出；
在高稳定性准分子激光技术研究方面，研究开发了具有自主知识产权的高精度谐振充电电压控制技术，提出一种优化的脉冲能量控制算法，实现了准分子激光输出能量精确稳定控制，输出能量稳定性达到1%。这一成果保证了工业、医疗和科研装备对准分子激光输出能量稳定性和精确可控的要求；
在先进仪器和高端装备的开发方面，针对国家重大战略需求和市场需要，先后研制开发了光刻机光源的激励电源和控制系统、平板显示制造的低温多晶硅退火设备样机、308nm准分子激光白癜风皮肤治疗仪、深紫外准分子激光剥蚀等离子体质谱与光谱分析仪等先进仪器和高端装备，指标均达到了国际先进水平；
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这些年来团队在准分子激光核心技术方面的研究成果，大幅提高了我国在相关先进激光器和高端装备研制方面的实力和国际影响力，对于解决国家战略重大需求、突破“卡脖子”技术、打破准分子激光相关产品长期以来国外垄断局面、科技成果转移转化示范等方面具有重要意义。
从原来的积贫积弱、被动挨打，到现在的奋起直追、部分技术成果比肩甚至在国际实现先进，打破国外垄断，虽然前方还有很多关卡要闯，但方晓东越走越有信心，因为，在他身后，已经有一支团队，有年轻后代已经成长了起来。传承蓄力扬帆远航
方晓东所在的激光技术研究中心拥有晶体材料、激光技术与光电功能材料、光子器件、激光应用技术四个方向。而由他一手带出来的激光技术和功能薄膜材料研究室，从最初仅有师徒几个人，经过多年精心布局，已经成长为一个结构合理、立足前沿的攻坚团队。作为中心主任，他同时肩负行政管理和科研等职责。他的目标很清晰：“为提高学科的整体实力，我们的重点是在人才培养上，以壮大后续科研力量。”
最让方晓东感到欣慰的是，经过10多年的共同奋斗，当初跟随他一起的年轻一代已经成长为研究室里可以独当一面的骨干力量。他们中，有所里最年轻的研究员、博导，也有经历和自己颇为相似的中科院“百人计划”入选者，还有挑起技术成果转化的领头人……团队学术自由、勇于创新的氛围浓烈。这与他们的带头人——方晓东的性格有密切的联系。
学生眼中的方晓东，是个极具亲和力的导师，愿意放手让他们去自由探索，“哪怕会走弯路，但最终能解决问题”。而在方晓东看来，他的学生们都非常优秀、单纯，愿意不计报酬地去追逐梦想，直面挑战。而他能做的，就是给予他们指导，特别施以宽容的态度。“因为我们现在做的就是创新的事情，我应该给他们容错试错的机会，这样才能让他们在自由快乐的氛围下去探索成长，我相信水到渠成，科研本身就是一件苦中行乐的事情，大家在一起会比较开心，也会比较充实。”桃李不言下自成蹊，如今团队里的骨干已经不仅仅是团队的支柱，而且已经成长为支撑中国准分子激光技术水平的优秀人才。
方晓东也有了自己新的目标和方向，丰富的经历让他对研究应用转化最终惠及于民有着“深深的执念”。让他深感自豪的是，过去一段时间团队将系列项目发明技术应用于高端工业、医疗和科研仪器装备开发，研制了多套国内外首创的先进仪器和高端装备，包括成功研制的我国首套高端平板制造的准分子激光低温多晶硅退火设备小型样机，并与著名平板企业合作完成了工艺验证实验；研制完成国际首台准分子激光剥蚀等离子体质谱与光谱分析仪，该仪器用于样品元素的光谱和质谱双通道快速分析，实现了在一台装置上同时对样品主量元素、微量元素和高精度元素比值的原位微区分析；研制了我国首台308nm准分子激光白癜风皮肤治疗仪并且完成了技术成果转化……
