2003年5月19日，环翠区法院一审判决于方民犯故意杀人罪，判处有期徒刑五年；并判于方民赔偿李英伟医疗费等共计6.5万余元。
澎湃新闻查阅案卷发现，警方对被害人李英伟所作笔录中，李英伟称轧他的车是黑色轿车，司机40多岁，是“小平头”。从培泽亦证明司机是“小平头”。于方民律师对李文琛所作笔录中，李文琛称，他饭后回村时，见同村村民李英伟躺在地上，他问李英伟怎么了，李英伟称，“经常有个人在你房这儿尿，我不让他尿，他还打我。”不过，这些信息并未在一审判决书中提及。此外，该判决书也未提及警方《现场勘验笔录》等书证。
于方民的无罪判决书。
“反转”后又“反转”
一审判决后的2003年6月9日，山东当地有媒体刊发题为《局长开车轧人拒不认罪，“零口供”被判处五年徒刑》的通讯员文章，该文章称，被告人于方民百般抵赖，自始至终拒不认罪；控辩双方各提供两名证人，均以现场目击者身份证明轧人和没轧人的事实。
上述文章称，庭审中，检察机关紧紧围绕所要出示的证据的合法性、客观性，对有罪证据有的放矢地进行分析论证，增强其证明力度，使其环环相扣，形成完整的证据链；对无罪证据，找出破绽，分析矛盾，有理有据地驳斥辩方证人证言的虚假性。经过8个小时的举证、质证、辩论、总结，环翠区法院最终以“零口供”对被告人于方民作出有罪判决。
不过，上述报道内容在一个月后被威海中院推翻。一审判决后，于方民不服，以其“没有驾车轧人、判决认定事实错误”为由提出上诉。威海中院认为，原判认定的事实虽然有被害人及若干证人证言的证明，但被害人李英伟及目击证人丛培泽证明作案人系“小平头”的特征与于方民的情况不符，且证人证言相互之间尚有矛盾，不能形成封闭、完整的证据锁链，不足以排斥辩方提供的证据。
2003年7月25日，威海中院以原判认定事实不清、证据不足为由，裁定该案发回重审。
2003年11月17日，环翠区法院重审后，仍判决于方民犯故意杀人罪，判处有期徒刑五年。重审一审判决书显示，此次重审认定于方民有罪的主要证据仍是证人证言，只是更为详细地阐述了采信或不采信的理由，“排除了证言中的矛盾点”。
关于被害人及证人称作案司机系“小平头”而被告人于方民系“分头”的等问题，环翠区法院认为，“平头”“分头”是在男性短发这一大类型特征下的分类，法律对此没有精确定义，现实生活中也没有严格的区分标准，两者不存在本质上的差别。证人对事实的记忆性回顾存在或多或少偏差，不能仅以其存在偏差就否认了它的证明力，对证据的采信与否，要看它是否客观、真实、关联，能否与全案的其他证据形成相互关联的、客观真实的、可以排除其他合理怀疑的证据链。
之后，于方民再次上诉。2004年2月16日，威海中院以“原审判决认定事实清楚、量刑适当，审判程序合法”为由，驳回了于方民的上诉。从此，于方民走上了漫漫申诉路。
第一次再审判有罪
于方民的申诉看似较为顺利。在有罪判决生效一年半后，山东高院于2005年7月19日作出再审决定，山东高院审查认为，“原判认定事实不清，证据不足”，指令威海中院另行组成合议庭对于方民故意杀人案进行再审。
2005年12月2日，威海中院作出再审裁定，该院再审认为“证人证言之间存在许多矛盾之处，不能排除合理怀疑”，再次作出“原判认定事实不清，证据不足”的结论，又将案件发回威海环翠区法院重审。
环翠区法院第三次审理该案时，公诉机关补充提供了对被害人李英伟的伤情补充报告和车辆性能鉴定。伤情补充报告结论为：李英伟所收损伤符合机动车碾压所致；车辆性能鉴定结论为：本田雅阁可以单侧轮碾压通过李英伟。
另外，应被告人于方民请求，环翠区法院还调取了交警现场勘验笔录，现场车辙痕长50厘米，车辙胎宽16厘米。该证据是2005年威海中院再审时，由公诉机关所提供。
此次审理形成的判决书显示，提供车牌号的出租车司机周承喜距事发地30米左右，另一目击证人从培泽距离事发地60米左右。环翠区法院审理认为，被害人及目击证人所述作案司机是“小平头”、驾驶黑色轿车与被告人于方民是“分头”、车辆为墨绿色的事实不符，属于微小瑕疵。
