王建光翻阅大量鉴定标准和文件，终于在江苏鉴定科学杂志中《枪支致伤力的法庭科学鉴定判据》找到依据，“曾经发射非制式子弹致人伤亡的非制式枪支直接认定为具有致伤力。”
围绕这一依据，办案人员又收集到包括证实当晚聂元元开枪伤人的证言，以及此前他曾试用同一枪支在淮安区斗殴时击穿他人车辆后窗玻璃的图片等等，这些都为后期指控聂元元枪击杀人提供了有力的佐证。
持砍刀争抢土方生意
聂元元犯罪团伙在创始初期主要是以开设赌场、抽头渔利、在赌场放贷赚钱，遇到不按时还款的赌客便要让他吃点“教训”，后期开始放高利贷，以月息6至8分不等收利息。
“省检察院当时要求我们在办案中一定要注意‘打财断血’，坚决铲除这个涉黑组织的经济土壤。”为此，吴合军向公安机关提出了补充侦查的意见。
侦查人员立即按照检察机关提出的意见开始补强相关证据，第一个被补证的便是2014年4月聂元元等人抢夺土方工程的事件。
2014年4月28日晚，淮阴西景观大道绿化工地上忽然来了七八个带砍刀的人，嚷嚷着让工地停工，正开着挖掘机挖土方的司机见状不妙，赶紧给工程承包人周学军打电话。周学军带着驾驶员李石磊到了现场，李石磊刚问了句“你们凭啥让我们工地停工”，就被人一拳打在脸上，随后几个人过来对他拳打脚踢。事后，他们才知道，这伙人为首的是聂元元，当天最先动手的也是聂元元。
李石磊在医院治疗了一周多时间，脸上和身上至今还有疤痕。因为得罪不起聂元元，周学军同意以盐河为界，让一半土方工程给聂元元，而另一个土方工程的承包人孙金刚给聂元元分利5万元。
侦查人员调取了土方工程结算的相关书证，发现工程仅用一个多月就结束，这一笔聂元元获利525.9万元，他给手下每人发了5000元作为奖励。
聂元元还向当地的一些开发商放高利贷，自2015年开始至案发，共计放贷2023万元，从中获利482万元，再加上他和徐宁等人开设赌场获得的利益49万元，该组织总计攫取经济利益达1056.9万元。
32名公职人员充当“保护伞”
按照相关规定，有犯罪前科的人员不能担任基层组织工作人员，聂元元是怎么突破制度规定、达到目的的呢？
在侦查卷宗中有一份2015年出具的《违法犯罪记录证明》，称近年内未发现聂元元有违法犯罪记录，正是这份证明再加上当地某村书记的推荐信，让聂元元在2015年7月摇身一变，成为某村委会的副主任，2016年村委会选举主任时，聂元元又当选村委会主任。
淮安市检察机关在办理聂元元案件过程中向市纪委监委移送线索11条，先后有32名公职人员因违法违纪受到处理，部分人员被移送司法机关处理。“我们给三个相关部门分别发送了检察建议，建议相关部门清理队伍，防止公职人员作假证明等违法违纪情形发生；加强监督，防止基层组织中再度混入有犯罪前科的人员；加强对当地社会治安和文化场所监管，严厉打击开设地下赌场等违法犯罪行为。”吴合军介绍说。
2018年9月11日，聂元元等人被以组织、领导、参与黑社会性质组织罪，聚众斗殴罪，寻衅滋事罪，开设赌场罪等6个罪名提起公诉。2018年12月27日，聂元元被一审判处死刑，徐宁、吴强等人分别被判处无期徒刑、十一年至四年不等的有期徒刑。2020年8月，聂元元等人被二审驳回上诉，维持原判。
