初始的纪念是明治时期牺牲的军人，结果被后世的军国主义借机还魂，成为亚洲“新纳粹”不死的坟墓，其战争和扩张的思维阴魂不散。
包括甲午战争（1894-1895年）、日俄战争（1904年-1905年）和第二次世界大战。因此，日本全国神社都由内务省管理，唯独靖国神社则由军方管理。
日本在1945年8月15日战败后，因为日本战后和平宪法第9条说明要政教分离，国家不可以介入任何宗教事务，因此靖国神社变成一个非政府的宗教机构。
1945年，联合国占领军总司令部曾准备废除靖国神社，为此靖国神社举行「临时大招魂祭奠」，把许多未死的人也来祭祀。后改为宗教法人才得以幸存。
很可惜，没有将其扼杀在摇篮里，为其后来的军国主义膨胀留下了复活的机会。
1955年以后，自民党5次提出《靖国神社法案》，要求将靖国神社改为「特殊法人」，试图将之国营化。1974年，由于日本社会的广泛抗议，才没有成功。
在正殿的神座(安置神体的地方)，当初是只一座。战后，重新设立了新的神座。因此现在有两神座。
1966年日本厚生省将含有甲级战犯的祭祀名录交给当时的靖国神社宫司（即负责人）筑波藤磨，但筑波没有把他们的牌位供奉上去合祭。
1978年10月靖国神社宫司松平永芳（战败时期的宫内大臣松平庆民的长子）把远东国际军事法庭所判处的甲级战犯东条英机等14人的牌位移入靖国神社合祭。至此，靖国神社赋予了新的“含义”。
监守自盗，日本军国主义实现还魂，成为亚洲军国主义的输出地，其历史遗毒在国内弥漫，战争的思想开始在年轻人中盛行。
二战后，日本天皇每年都要参拜靖国神社，自从甲级战犯灵位进入神社后，据侍卫长的回忆显示，裕仁天皇因为不满神社供奉二战甲级战犯，故自1978年后再也没有正式参拜靖国神社。
现在的靖国神社正如历史的发展一样，由原来为恢复明治天皇权力而牺牲军人的纪念演变成了祭奠二战甲级战犯的历史窗口。这已经超出了当时创始人的原始初衷，成为日本和亚洲邻国无法跨越的严重障碍。
靖国神社的变化是日本对历史遗留问题的回避和否认，而对于靖国神社的参拜也是一起日本人心和思想变革对历史否定的回眸。
