焚尸灭迹
对于数量较大的集体屠杀，日军则采取了焚烧尸体的方法。日军仅在草鞋峡江边就焚烧了5.7万军民的尸体。
日本记者本多胜一采访一个化名“田中”的原日军士兵。田中详细叙述了12月18 日、19日两天屠杀、焚烧尸体血腥场面：
“尸体堆得很高，我们为了确保杀死每一个人，并且把尸体处理干净，就采取了焚烧尸体的方法。对于那些装死的人，身上着火一定会动，有些还没死的人疼得受不了，便偷偷用手打灭身上的火，我们看到后就用刺刀将他们刺死。
为了清理尸体，第二天又派来另外一支部队支援我们。此阶段的工作，使用了汽油，将尸体全部焚烧。焚烧的目的就是为了尽可能地消除痕迹”。
美国《时代周刊》也曾披露了日军在对1万名左右中国男子进行屠杀后，焚烧尸体的做法。报道说：“一个十七岁的男孩来到医院，他称有大约一万五千军民被押到江边，这些人被机枪以及手榴弹杀死后，全部被焚烧，一万五千人中，幸存者仅三人。”
南京安全区国际委员会秘书斯迈思在一封家书中写到：“今天有一个人跑回来，他的脸全部烧坏了，一只眼睛也被烧瞎了，他说他们140个人被绑在一起，浇上汽油、点火焚烧！太恐怖了！他被压在尸体最下面，得以幸存”。
抛尸入江
抛尸入江是日军处理尸体、毁灭罪证最常用的手段。
据从中山码头逃回的市民张有仁称：“被从安全区大方巷搜去的200余名难民，次日用卡车运至下关中山码头，当时留下十余人做奴役，其余全部被机枪扫射后拋入江中。”
幸存者孙君亦向军事法庭陈述说：“日军曾捆绑中国平民一万人，排列在长江岸边，然后用机枪扫射，一小时内一万人全部被射杀。日军将大部分尸体拋入江中，一小部分尸体在岸边暴露达数日之久。”
市民史荣禄见证了日军在长江边大窝子屠杀2万名军民，并让一部分被屠杀者先行抛尸入江的暴行。他说：
“十二月的一天，我亲眼看到日本兵把很多中央军和平民百姓从下游笆斗山赶到老虎山下的大窝子集中起来。那里的两百亩江滩，都站满了解除武装的中央军和无辜的百姓。日本兵把他们绑好后，很多机枪同时射击。射杀一批人后，便让后面的中国人把倒下的军民仍入江中，就这样重复了三天，被杀的军民大约有两万人。
团步兵第33联队士兵山冈敏一曾亲历这种屠杀、抛尸入江反复交替进行的行为。他说：“有的人并没有死，也把他们拖着仍入江中。我就曾经拖着活人的手脚把他们扔进了江里头。然后又是将中国人排成排把他们枪毙。然后又是咚咚咚往长江里扔。”
原日军军官黑濑市夫于1954年作证：“在南京下关扬子江岸有500具弃尸，由日本军汽艇将其拖入江心。也有些时候，日军部队专门进行屠杀，另强迫一部分百姓， 跟着按其指令，将尸体抛入江中”。
如上所述，日军各支部队用掩埋、焚烧、投江等方式来毁尸灭迹的现象，大量存在、被众多幸存者目睹或者被大量日本士兵所记录。这是任何人都无法否定的真实的历史。
但不得不说，日军处理尸体的方法的确为日后统计大屠杀真正的遇难人数造成了极大的困难，而日军也正是想通过这些手段来隐瞒和掩盖其在南京所犯下的滔天罪行。但真相是永远都无法被掩盖的，其罪恶的历史将永远被国人所铭记。
南京大屠杀30万人的遗骸在哪里
在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆新馆的一个展厅，纪念馆馆长朱成山介绍，继1984年和1998年之后，该馆于2006年新馆新展厅土建施工之时，第三次发现了一批遇难者遗骸，数量至少19具。经专家鉴定、保护、复原，近期，这批遗骸被原样恢复并安放在新馆史料陈列厅。
