现存最早的中医古籍《黄帝内经》也有记载。如《素问·刺法论》指出：“五疫之至，皆向染易，无问巨细，病状类似……，正气存内，邪不行干，避其毒气。”《素问·天性病》篇：“厥阴不退位，即劲风早举，时雨不降，湿令不化，民病温疫，疵废。风生，民病皆肢节痛、喽罗痛，伏热内烦，咽喉干引饮。”指出温疫具有感染性、盛行性、临床体现类似、发病与气候有关等特色，并以为只需“正气存内”，就能“避其毒气”。
东汉时期
东汉时期的张仲景在其作品《伤寒杂病论》的序言中说“余家族素多，向余二百。建安编年(公元196年)以来，犹未十稔，其逝世者，三分有二，伤寒十居其七。感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方。……”文中的“伤寒”，除了指外感热病外，还包含了其时的烈性盛行症，可见其时瘟疫盛行之猖狂。
三国
曹植《说疫气》记载“建安二十二年(公元217年)，疠气盛行，家家有僵尸之痛，室室有号泣之哀。或阖门而殪，或覆族而丧。或以为：疫者，鬼神所作。夫罹此者，悉被褐茹藿之子，荆室蓬户之人耳!若夫殿处鼎食之家，重貂累蓐之门，若是者鲜焉。此乃阴阳失位，寒暑错时，是故生疫，而愚民悬符厌之，亦可笑也。”描绘了当疫病盛行的惨状，并明确指出：“疠气盛行”，并非“鬼神所作”，而是“阴阳失位，寒暑错时”所造成的。
建安七子之一的王粲在《七哀诗》中也记载：“……出门无所见，白骨蔽平原。路有饥妇人，抱子弃草间。顾闻号泣声，挥涕独不还。‘不知道身死处，何能两相完?’驱马弃之去，不忍听此言。……”是其时苍凉情形的真实写照。据史料记载，从汉桓帝刘志，至汉献帝刘协的七十余年中，记载有疫病盛行17次。疫情比年，生灵涂炭，即便是士大夫们也未能幸免。如文学史上闻名的“建安七子”中的徐干、陈琳、应玚、刘桢也一时俱逝。其惨状可见一斑。
晋朝
晋朝葛洪《肘后备急方》对瘟疫也有论说，以为“伤寒、时行、温疫，三名同一种。……其年岁中有疠气兼挟鬼毒相注，名为温病。”并立“治瘴气疫疠温毒诸方”一章，记载了辟瘟疫药干散、老君神理解散、度瘴散、辟温病散等医治、防备温疫的丹方。
隋朝
隋朝巢元方《诸病源候论·疫疠病诸候》以为疫疠病“其病与时气、温、热等病相类，皆有一岁之内，节气不好，寒暑乖候，或有暴风疾雨，雾露不散，则民多疾疫。病无长少，率皆类似，如有鬼厉之气，故云疫疠病。”并以为岭南区域的青草瘴、黄芒瘴等瘴气也属疫疠病规模。并进一步指出：“此病皆因岁时不好，温凉失节，人感乖戾之气而患病，则病气转相染易，甚至灭门，延及外人，故须预服药及为神通以防之。”
唐朝
唐朝孙思邈《千金要方·卷九·伤寒》立“辟温”一章，记载医治温疫的丹方。
出于唐朝王冰今后的《素问》遗篇，以为温疫与五运六气改变反常有必定的联系，故有金疫、木疫、水疫、火疫、土疫“五疫”及“五疠”之称。阐明古人现已意识到温疫的致病原因不同于一般的六淫外邪，而是一种疫毒之气。
宋代
宋代医家张从正《儒门事亲·卷一·立诸时气解利忌讳式三》：指出“又如正二三月，人气在上，瘟疫高文，必先头痛或骨节疼，与伤寒、时气、冒暑、风湿及中酒之人其状皆相类。慎勿便用巴豆大毒之药治之。……夫瘟疫在表不行下，况巴豆之丸乎。”对瘟疫的临床体现、医治提出了自己的观念。
元朝
元朝医家朱丹溪《丹溪心法·卷一·温疫五》：“瘟疫众一般病者是，又谓天行时疫。治有三法：宜补，宜散，宜降。”总结了瘟疫的医治办法。
明朝
明朝医家吴又可目击其时疫病盛行的惨状，在前人有关论说的基础上，对温疫进行深入细致的调查、讨论。其所著的《温疫论》是我国论说温疫的专著，对温疫进行了具体的论说。以为“温疫之为病，非风非寒非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感。”指出温疫的致病因子是“异气”，又称“疫气”、“疠气”“戾气”等，是对温疫病因的创见。
