树立了奴儿干都司后，朱棣差遣亲信宦官亦失哈前去黑龙江区域进一步探险。
注：亦失哈，海西女真人，约在14世纪晚期被明军俘虏，阉割并送入燕京当宦官，在明永乐九年(1411年)至宣德八年(1433年)的20余年中，亦失哈屡受朝命出使奴儿干(黑龙江下流区域)，扩张明朝实力。他还在奴儿干建了一座名叫永宁寺的释教寺院以供奉观世音菩萨，并用汉文、蒙古文和女真文竖立石碑以记其事，此碑现坐落海参崴的阿尔谢尼耶夫博物馆内，这是仅有一块在女真人树立的金朝消亡之后刻有女真文的石碑。宣德七年(1432年)亦失哈再度巡视此处发现庙已毁，便命令重修永宁寺，一起另立一块石碑——《重建永宁寺记》，宣德碑全为汉文。1904年，两座石碑被搬移进符拉迪沃斯托克(海参崴)的两座博物馆。清代外东北被割让给俄罗斯，1885年曹廷杰曾冒险拓回碑铭。
奴儿干都司树立后，明朝在此驻军，战士每两年一换。奴儿干都司驻军多时达3000人，最少也不少于500人，轮流戍守。为了更好的办理此地，明朝还在今日吉林省吉林市邻近树立了船厂，派官领军制作大船，并在奴儿干都司的辖区内修建了许多驿路，设置驿站，以确保奴儿干都司与京师及各地的联络。
奴儿干都司从属兵部(实践奴儿干都司能够看成是辽东都司的派出安排)，其鼎盛时期(万历年间)共有384个卫，24个所、7个地上、7个站、1个寨，一般简称384卫，统领西起斡难河，东至库页岛，北达外兴安岭，南濒日本海，包含黑龙江流域和乌苏里江以东，以致库页岛的广阔区域。
永宁寺碑铭
可是，奴儿干都司实践并不存在办理所属卫所的功能(想想也不现实，这么大的当地它也管不过来)，东北北部设置的许多卫所， 都直接听命于明朝中央政府， 直接和朝廷发生关系,，并不通过奴儿干都司这样一个中间环节，它真实的效果是什么呢?是招安，这其实是明朝招安东北部落的总基地。
那么，假如招安使命中止了会怎样样呢?
宣德四年(1429年)十二月，明朝“召内官亦失哈等还。”，宣德五年(1430年)十一月， “罢松花江造船之役。”到宣德十年(1435)正月，奴儿干巡视作业完全中止。
注：明成祖朱棣时期，明代国力损耗过度，所以随后的洪熙(仅在位一年)和宣德(在位十年)两位皇帝都采纳“涵养生息”的国策以康复国力，对外采纳缩短战略，包含中止下西洋，对蒙古采纳守势，抛弃交趾，抛弃东北探险等。
已然功能没有了，那奴儿干都司安排结构现已不复存在，其招安功能随即消失。根本名存实亡，有些网上材料显现“奴儿干都司被废弃”也是指这个，其实这并不精确，奴儿干都司的“名”还在，宣德之后，奴儿干都司的官员还时见史书记载，也便是明朝名义上仍是保留了这个安排，但也只剩名义上罢了(由于明代军职世袭准则和奴儿干都司三个首要负责人的鞑官身份，所以不太好废弃)。
奴儿干都司的许多卫所都是沿着乌苏里江，黑龙江树立的，由于其时河流便是首要的交通路线。
不过，自成化中叶今后，不再见有奴儿干都司安排的活动，尔后奴儿干区域有关业务，均由辽东都司直接干预、办理。
并且，此刻“奴儿干”还有了相似汉代“西域”的地舆概念，比方刚刚上文说到的，万历《大明会典》记叙，“奴儿干都司，卫三百八十四，所二十四，站七， 地上七，寨一。”这并不是说有个叫奴儿干都司的当地办理这儿，而是明朝把这一片依然沿用叫“奴儿干都司”，这成了明代在东北羁縻系统的概念代称。
