明英宗复辟后，尽管经过废弃于谦所设团营、召回全国镇守文官等方法镇压兵部，可是跟着石亨以图谋不轨被诛，大明彻底由文武偏重转向重文抑武。
成化、弘治年间，办理军户户籍的权利也被收归兵部，五军都督府彻底沦为一个名不副实的部分。
凡在京在外武职袭替优给，都司卫所呈送该府，奏过送兵部奏请确定。后走奏俱改属兵部。
正德年间，明武宗经过宠幸武将江彬、树立两官厅的方法镇压兵部的方位，可是跟着明武宗的驾崩，这全部尽力都化为乌有。
嘉靖年间，五军都督府仅剩的办理军户屯田的权利被收归户部，五军都督府成为了一个可有可无的部分，五军都督府的左、右都督成为了武将的荣誉职衔。尔后，凡遇征战，武将都由挂兵部职衔的巡抚或总督控制。
凡全国将士戎马大数，荫授、迁除与征讨进止机宜皆属之。十三年分大都督府为五军都督府，见若认为品秩如其故者，而兵部阴移之，其权渐分矣。所谓五都督者，不过守空名与虚数罢了。
秦汉今后的历朝历代并没有严厉区分过武将和文官，统治者对大臣最为看中的其实是文武兼备，唐代乃至还有边帅建功后要入朝为相的常规。这种情况下，明代五军都督府权利的削弱和兵部方位的兴起是不会呈现任何问题的。
宋代今后，为了避免藩镇割据局势的呈现，才有了清晰的文官和武将的区分，可是，文官看待战役更多的是从政治的视点动身，武将看待战役更多的是从军事的视点动身，而且在宋代文官的改造下，武将的培育单纯着重武勇而小看策略。这种情况下，明代五军都督府权利的削弱和兵部方位的兴起就会呈现问题。
像宋代文官那样从政治的视点看待战役的明代文官统领武将们作战时，往往会呈现一种为难的现象：武将领兵快速投入战役会被文官责备为轻敌冒进、好勇嗜杀;武将挑选等候有利机遇再出战会被文官责备为畏敌避战、养寇自保。
这种情况下，武迁就成了朝廷的战役机器，彻底失去了战役中的主动权，假如统领武将的文官具有杰出的军事素质还好说，一旦文官像杨镐那样，等候明军的便是萨尔浒那样的惨败。
此外，为了避免武将实力昂首，明代的文官们还回绝全部有助于进步戎行战役力的主张，比方万历时期戚继光和俞大猷都曾提出过整训明军的方案，成果被文官否决，大明然后失去了最终一次提高戎行战役力的良机。
愈加严峻的是，五军都督府的权利削弱和兵部方位的兴起又产生了一个新的问题：文官小看武将、武将对文官两面三刀。这种情况下，文官和武将在战役中离心离德就成了一种必定，成果便是像松锦大战那样的惨败在明军中不断演出。
正是因为五军都督府权利的削弱和兵部方位的兴起，明末才呈现了军事局势由文官的军事素质决议的局势，卢象升、洪承畴、孙传庭等军事素质较高的文官在时，明末的军事局势就很好，当他们先后阵亡或被俘后，明末的军事局势瞬间扶摇直上，并在不久后消亡，所以五军都督府权利的削弱和兵部方位的兴起就成了压垮大明的第二颗稻草。
