但好景不长，就在一系列改革措施逐渐展开和深化的至正四年(1344年)，脱脱却以身体多病的理由请求离职。宗教神秘的预言让脱脱意愿更坚，遂接连十七次上奏请求辞官，顺帝同意了。虽然脱脱离场，但在之后五年中，顺帝也并没有失去进取之心，他把自己的关注点放在了庞大帝国的基层代理人——官员上，官员的贪或廉、贤或昏往往影响着政权的信誉和政策的执行程度，这也是蒙元政权的软肋。
元顺帝很重视任用地方守令，他明白这些人在帝国机制中所具有的重要作用。然而，遣官派令的政策固然出于好心，在已经腐化的体制中推行反而起到了负面的作用。另外，至正四年(1344年)之后，中国进入了灾害多发期，华北平原尤为严重。天灾不断，灾异频频，人民难以生存，纷纷流亡，甚至一度影响到了大都。
等到至正九年(1349)闰七月，脱脱再次被起用为中书右丞相时，他们所要面对的已经是一个在天灾和人害的摧残下岌岌可危的国家了，他们所能做的似乎就是充当“救火队长”了。脱脱先后被派去治河和出征平叛，在这个过程中，昔日锐意图治的伙伴也因为种种原因而渐渐分道扬镳。至正十五年(1355)底，脱脱最终被政敌毒死，只是不知道是否出于顺帝的意思，但他确早已失去了顺帝的信任。
