西厂成立半年后，由于其手段恐怖，弄得朝野上下人人自危。大学士商辂等辅臣集体上书，向宪宗举报以汪直为首的西厂所做的不法之事。宪宗闻言，十分震惊，遂废置西厂。但月余不到，失去安全感的宪宗又将西厂恢复，并复用汪直。在接下来的几年中，西厂权势达到了巅峰。但由于汪直权力的极度膨胀，也逐渐引起了皇帝的警觉。不久，汪直遭皇帝冷落，在与东厂、锦衣卫等组织的权力角逐中遭到失败，西厂也随之解散。
除东厂、西厂外，明朝宫内特务机构中还有一个不太为人所知的组织——内行厂。明武宗时，大太监刘瑾掌权，宦官势力一度十分强盛，西厂再次设立，由太监谷大用负责统领。但东厂、西厂两家由于权力争夺，关系一度相当紧张。在此情况下，刘瑾便又设立一个内行厂，由其本人直接指挥。内行厂的职能与东、西厂相当，但其侦缉范围却更广，甚至包括对东、西厂和锦衣卫的监督。一时间，宫内宫外四大特务机构并存，缇骑四出，天下骚动。直到五年之后刘瑾倒台，明武宗才将西厂和内行厂一并废止。
