对于“空印案”的过程和结果，没有什么可争议之处，只是“空印案”究竟发生在哪一年却一直是个谜。关于“空印案”，在《明太祖实录》和《明史太祖纪》上都没有提及，这便导致了后来的众说纷纭。
一种说法是，根据《明史》卷九四《刑法志二》的记载，“空印案”发生在洪武十五年。但是，翻阅《明史》卷一三九《郑士利传附方徵传》，却又发现，其中提到怀庆知府方徵上书为“空印案”鸣冤，于洪武十三年被逮到京城。这样，在明史中就出现了前后叙述自相矛盾之处。据此，研究者们肯定“空印案”的发生应早于洪武十三年。
在此基础上，有学者考证后提出，“空印案”的发生是在洪武九年。所根据的是方孝孺的记载，因为在方氏《逊志斋集》卷廿一《先府君行状》及《叶伯巨、郑士利传》中，都曾言及在洪武九年发生“空印案”。近代史学家孟森、李光璧就据此认定是洪武九年。
近些年来，又有研究者对“空印案”发生的时间作了更为细致的考证，将《明史》与《兴化府莆田县志》、《明太祖实录》、《国榷》反复核对确认，认为“空印案”应当是发生在洪武八年(1375)。因为前面提到的方徵上书鸣冤的原因是“因星变求言”(就是皇帝因为天文现象的异变而向天下寻求解释)，而“星变求言”一事发生的时间是洪武九年闰九月，方徵在上书中明确地提及是去年发生“空印案”，因此应该是洪武八年。
“空印案”的发生之所以会在时间上造成不确定性，有学者认为，正是由于“空印案”涉及面很大，辗转牵连的人也很广，经过了相当长的时间才结束，因此才会出现不同的时间说法。
