有个姓苏的太监忽然记起太子的胫骨上有个特别的记认，一看就知是真假，连忙向弘光帝报告。这下弘光帝就不敢让人看了，万一是真的，就很难收场了，与马士英一商量觉得还是让人辨认比较好。他们想到了被关在监狱里的方拱乾，方当年曾为太子讲过一段时间的课，如果他说不是，就很有权威了。
三月初八，刑部会审太子，方拱乾前去辨认。审问官让太子跪下，太子不答应。一个官员指着方拱乾问太子这个人是谁?太子说是方先生。方拱乾一见太子，既不敢说是假的，也不敢说是真的，因为这个人太像太子了，真假实在难辨。一个官员见到辨认失败，干脆直截了当地说：“你不是太子，你真名叫王子明。”太子说：“我又没有自吹自己是太子，你们不想认也就算了，你们一年前不就是站在我父皇的朝廷上吗?如今为什么这样健忘，连一个人也不相认了。”大臣们被他讲得哑口无言。最后内阁官员王铎说：“太子肯定是假的，不要再审了。”
这时，百姓间流传开来了马士英和王铎要杀太子的消息，一些大臣纷纷上疏责问。将军黄得功说：“假冒太子的结论是官员奉承皇帝的结果。是谁下结论认为太子是假的?依据是什么?应该向天下百姓交待清楚。先帝的儿子，也是陛下的儿子，怎能关进大狱?”
弘光帝看了奏本，气得要死，下旨烧掉黄得功的奏本，但迫于舆论只能再审太子。
这次审问官员是左都御史李沾。李沾事先让人告诉太子，要他自认是王子明。开审时，李沾直呼王子明，太子不应。李沾命人上刑罚，太子痛得大呼小叫。当年东宫伴读的丘致中实在看不下去了，抱着受刑的太子大哭，当即被关中大狱。
外面舆论越传越厉害，南明一些大臣对这件事也十分关注。弘光帝无奈之下只能作出对北来之人“好生护养”、“勿骤加刑”，待正告天下后再行申法的决定。太子案真假还来不及搞清楚，南明小朝廷出问题了。先是驻守在江北前线的四镇总兵为争夺地盘互相开战，接着驻武昌的左良玉部以奉太子密诏“清君侧”为名起兵，直指南京。弘光帝、马士英急调各部入卫南京，无暇再理此案，使太子案不了了之。
五月十日，清军渡江，弘光帝、马士英连夜逃出南京。混乱中，有人拥太子登武英殿，群呼万岁。清军入南京，太子不知去向，有人说被清军俘虏，有人说在乱军中被杀。太子是真是假?当代有很多人进行了考证，有人说是伪太子，也有人说是真太子，双方各说各的理由。其实，太子的真假不要说今天我们是难以知道，就连当时的人们也无法搞清，这早已是一个千古历史之谜。
