其职能是：“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，一个顿号，基本上把锦衣卫分成两个截然不同的部门。负责执掌侍卫、展列仪仗和随同皇帝出巡的锦衣卫，基本上与传统的禁卫军没什么两样，其中比较著名的为“大汉将军”。这些人虽名位“将军”，其实只负责在殿中侍立，传递皇帝的命令，兼做保卫工作，说白了，就是是在皇宫大殿上的桩子。
当然，这些“桩子”也非等闲之辈，一般都是牛高马大，虎背熊腰，而且中气十足，声音洪亮，从外表上看颇有威严，对不了解明廷底细的人有一定震慑作用。大汉将军在锦衣卫中自成一营，初期约有1500人，到明末，由于官僚机构的膨胀，大汉将军也一度增加到5000余人。
至于“巡查缉捕”，则是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，也是它为什么能为人们牢牢记住的原因。其实朱元璋建立锦衣卫的初衷也只是用来卤簿仪仗，但后来由于他大肆屠戮功臣，感觉传统的司法机构刑部、大理寺、都察院使用起来不太顺手。于是将锦衣卫的保卫功能提升起来，使其成为皇帝的私人警察。负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南北镇抚司，其中北镇抚司传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱(诏狱)，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
