朱祐樘继位后，马文升由南京兵部尚书调任为都察院左都御史。弘治二年，又被任命为兵部尚书。任职期间，他严格考核，整顿兵政废驰，取得著成效。 朱祐樘统治后期，曾宠信宦官李广。在李广贪腐事发后，朱祐樘深刻反省，继续重用刘大夏、戴珊等贤臣，重新肃清朝纲。
励精图治，实现中兴
朱祐樘体弱多病，却是位非常勤政的皇帝。在弘治元年，王恕提出，请求皇帝在早朝后，能在便殿再次召见群臣，共商治国之道。于是在弘治元年的三月，朱祐樘在文华殿增设了午朝，便于君臣共商国是。
朱祐樘废除苛法，宽以待民；轻徭薄赋，与民生息。他在位期间，废除了多项残暴法令，更正律例，慎用刑罚，编制了《问刑条例》、《大明会典》，做到司法公允，有法可依。在民生方面，他兴修水利，发展农业；废除苛捐杂税，减轻了百姓负担。
在军事方面，朱祐樘在位期间，三次用兵哈密，力排众议，收复哈密，极力维护国家统一。 在朱祐樘的锐意进取下，明朝在经历宪宗朝的颓败后，经济再度繁荣，人民安居乐业，迎来了中兴局面。
洁身自爱，一生只爱一人
朱祐樘一生只有一位张皇后相伴，再没有其他的妃嫔，这在拥有三宫六院的古代帝王来说似乎有些不可思议，而事实朱祐樘确实是一夫一妻。
明朝中后期的皇后，一般都出自普通家庭。张皇后也不例外，她的父亲张峦也只是个国子监生。张氏在成化二十三年被立为太子妃，同年十月，立为皇后。我们知道，古代帝后都是分宫居住的，而朱祐樘与张后伉俪情深，同起同住，与民间普通夫妇无异。朱祐樘爱屋及乌，对张后的娘家也大加封赏，岳父张峦追封为昌国公，张后的两个弟弟也被为侯爵。
朱祐樘一生笃爱张后，再无后宫，又英年早逝，因此也造成了子嗣单薄。他与张后共生育两子，长子便是武宗朱厚照，次子朱厚炜早夭。而武宗朱厚照死后无嗣，皇位被由朱祐樘的侄子朱厚熜继承了。
明宪宗驾崩时，留给儿子朱祐樘的并不是一个太平盛世，相反却是一个国库空虚、内忧外患的乱世。朱祐樘继位后，罢黜奸佞，任用贤臣，勤政不怠，励精求治，终于使明朝政治清朝，经济繁荣，再现盛世。而朱祐樘宽容仁厚、感情专一的私德也历来为后人推崇。
