熙宁二年（1069），王安石在宋神宗的重用下，以参知政事而位居权力中枢，登上了全国性变法运动的大舞台，可谓应运而生。他是位有志于改革的政治家，在多年地方官任上已试行过若干改革措施，在此基础上，逐渐形成了一整套变法理论和具体方案。
针对“积贫积弱”的危机，王安石以“理财”和“整军”为两大目标，提出了颇具系统性的“新法”设计。属于理财的有青苗法、免役法、均输法、市易法、方田均税法、农田水利法等；属于整军的有减兵并营、将兵法、保马法、保甲法等。此外，他又改革科举制度，以便为推行新法提拔人才。
“理财”和“整军”针对“积贫”和“积弱”两大弊病，而成为王安石变法重要的两翼，其重点是理财。王安石经济思想要点是：“因天下之力以生天下之财，取天下之财以供天下之费。”（《上仁宗皇帝言事书》）也就是调动人们的劳动创造力，向自然界开发资源，创造财富，以满足人们的需求。他理财的总目标是“善理财者，民不加赋而国用饶”，是开源和节流的结合。司马光却认为，“天地所生，财货百物，止有此数，不在民间则在公家”（司马光《迩英奏对》，见《传家集》卷四二），把天下财富看作停滞不变的常数，否认人们不断创造能力，这不合常识。改革在某种意义上，是财富再分配，如青苗法把原属高利贷者的四分利息转归“公家”，“民间”的借贷农民减负舒困，单从政策设计本意而言，是合情合理的。从变法理论和具体方案的层面来看，王安石不愧为治国经邦的实干家，既有敏锐的经济头脑，又有周密的通盘擘画。然而，问题在于实践，如何使“良法美意”收到富国惠民的预期成效，王安石面临三大困境：
一是声势强大的反对派。比之“庆历新政”，王安石在全国范围内掀起一场更有力度和深度的改革运动，首先激起一批元老重臣的反对，变法开始后，韩琦、欧阳修、富弼等纷纷上奏指斥，随后形成以司马光为首的反对派。面对这一严峻形势，王安石没有及时调整自己的策略，力争化解矛盾，变消极负面因素为正面支持力量。这种转化工作虽不一定有望成功，但存在很大的可能性：一是他们之间纯属政见不同的君子之争，忠君体国，不谋私利，且反对派中不少是庆历、嘉祐时期主张或参与改革的中坚人物，并非顽固颟顸之徒；二是王氏与他们均有私交，有的相知甚深，欧阳修甚至把王安石视作文坛盟主的接班人，期许很高；三是旧党中也有主张新旧两党应该调和这种的思潮，司马光指令苏轼起草的王安石赠太傅制称颂王氏“罔罗六艺之遗文，断以己意；糠粃百家之陈迹，作新斯人”，乃至“建中靖国”年号的拟定，即是显证。
然而，王安石却显出“道不同不相为谋”的姿态，司马光于熙宁三年连续给他三通信函，细说新法推行过程中的流弊，娓娓剖析，长达三千余言，而王氏的《答司马谏议书》仅以不足三百字回复，话锋犀利，不容置喙，对这位比他年长的老友，确属“卤莽”了，尽管这是一篇古今传诵的名文。富弼、韩琦、文彦博、司马光先后被罢免，苏辙退出“三司条例制置司”，忌讳苏轼被神宗重用，倾力排挤，都见出他急于求成，以致容人胸襟之狭隘，无法与反对派沟通与合作，直接造成他无人可用、无机构可倚的难题。
执行机构的仓猝建置和办事官吏们良少莠多，是王安石面临的另一困境。以理财为重点的变法，本应由三司即户部司、度支司、盐铁司等机构来负责推行。但宋朝的三司脱离相权而独立，直接向皇帝负责。于是，王氏创立“制置三司条例司”，名义上仅是制定条例，实际上是主持新法的新的权力机构。草创伊始，百废待兴，行政运作不容许有走上正轨的准备期，熙宁二年二月成立，四月即派遣刘彝、谢卿材等八人巡行全国，考察农田水利、赋役，企求事繁而速成，于是大批新锐之士纷纷加入执行新法的队伍；不得不依靠原有的地方行政管理机器，又未经整顿和训练，官吏差役上下其手，因缘为奸，弊端丛生。陆佃从越州归，面告王氏：“法（新政）非不善，但推行不能如初意，还为扰民。”如青苗法，地方州县以多散为功，有钱者不愿借而“抑配”强借，无钱者患其无力偿还而拒贷；偶获贷款，又在城中挥霍一空，难怪苏轼要写诗加以讥讽：“杖藜裹饭去匆匆，过眼青钱转手空。赢得儿童语音好，一年强半在城中。”（《山村》）
