而且在秃发傉檀取代后秦控制了姑臧城之后，北凉的沮渠蒙逊也看到了夺取姑臧城的希望，其多次率军包围姑臧城，让南凉的军队疲于应付，损耗了不小的国力。再加上西秦对于南凉的小规模骚然，更让秃发傉檀处于腹背受敌的困境之中。
凉州古城墙
在这样的情况下，秃发傉檀似乎不应该继续坚守姑臧城，这对于国力相对较弱的南凉来说是不现实的。但是秃发傉檀继承了其兄长的战略部署，坚持认为姑臧城是不可放弃的凉州核心，并没有退守乐都的打算。
而南凉在坚守姑臧的过程中，与北凉，后秦，以及新型的赫连夏之间爆发了多次战争。其中在与赫连勃勃的阳武峡之战中，南凉损失了数万军队和十余位将领，严重挫伤了军队的士气。在这样的情况下，秃发傉檀依然没有放弃姑臧城。他为了巩固姑臧城的防守，秃发傉檀还让军士们在姑臧城外建立起了大量的堡垒，以此来阻挡北凉和后秦大军的推进，并将周边的百姓迁徙到了姑臧城中居住：傉檀惧东西寇至，徙三百里内百姓入姑臧，国中骇怨。
这样的政策在开始的时候取得了一定的效果，但是其弊端也逐渐显现出来。首先是堡垒的营建让姑臧周边的大多数土地都不能再被用于耕种，这让南凉的粮食产量遭受极大的影响，军需补给开始出现短缺的情况。另一方面，堡垒中秃发傉檀的军人和其家属对于中央政府的依附程度逐渐降低，这让南凉的统治稳定面临着不小的风险。
胡夏皇帝赫连勃勃
最重要的是，强行迁徙百姓入城引起了城内外百姓的不满，城外的百姓失去了家园和土地，城内的百姓生活遭到了破坏，这让突发傉檀的统治变得十分脆弱。姑臧城内外先后发生了成七儿领导的北城起义，以及大臣们密谋篡位的"边梁之乱"。虽然在秃发傉檀的努力下，这两次叛乱都被镇压，但是南凉在姑臧城中的统治却早已走上了末路。秃发傉檀父子对于汉臣的不信任
在边梁之乱的时候，南凉统治者与汉臣之间的矛盾就已经显露出来，之后趁着后秦进攻姑臧城的时候，城中的王钟，宋钟等人再次密谋接应秦军入城，但是他们的计划很快就被秃发傉檀所发现。当时的前军将军伊力延侯认为应该对这些人进行严惩，来防止类似事情的再度出现，于是秃发傉檀在城中杀死了五千余人，这便是著名的"东苑之诛"。
南凉北凉对峙情况
在东苑之诛发生之后，姑臧城内外的百姓恐惧不已，纷纷逃出姑臧城外的堡垒，向北凉的沮渠蒙逊投降，这让姑臧城的防御措施变得形同虚设。在之后的战争中，南凉连续败给北凉，甚至要用大臣和宗室来做人质，才能换得一时安宁。但纵使如此，南凉也逐渐失去了保卫姑臧的能力，不得不逃出姑臧，回到之前的都城乐都。
在回到乐都之后，南凉军队的粮草供应成为了大问题，秃发傉檀提出领兵北上，远征乙弗，抢夺牛马资财。在他离开之前，提醒留守的太子秃发武台要小心西秦的乞伏炽磐。在秃发傉檀出发之后不久，乞伏炽磐果然率军前来，对乐都发起了攻击。在此时大臣尉肃提出让鲜卑军队镇守内城，自己带领"晋人"御敌于外。但是在经历了边梁之乱，以及王钟等人的反叛后，南凉的统治者对于汉臣已经不太相信了，他将汉臣中能征善战之辈尽数收于内城，自己领兵与乞伏炽磐交战：武台惧晋人有二心也，乃召豪望有勇谋者闭之于内。
在经历了多次大败之后，南凉的军队早已不能和全盛时期同日而语，更何况秃发傉檀还带走了南凉的大部分精锐，秃发武台并不能击败乞伏炽磐，而南凉的根基乐都也很快失陷。此时的秃发傉檀已经击败了乙弗部，不过此时的他已经无路可走，最终只能向西秦投降，以求见到自己的妻儿。可以说正是由于秃发傉檀对于军事的过分看重，导致汉臣的地位不断下降，最终酿成了不可调和的矛盾，导致彼此失信，无力抵抗西秦的入侵，造成了南凉的亡国。
