两年后，张居正上台当首辅，海瑞满以为张居正会选拔，但是等了好久也没有选拔的音讯。吏部有人提议重用海瑞，张居正指示说：“海瑞秉忠亮之心，抱骨鲠之节，全国信之。然夷考其政，多未通方。只宜坐镇雅俗，不妥重烦民事。”意思很清晰，海瑞品德高尚，但过于偏执苛刻，缺少变通，只能当品德榜样，不适合参加政事。所以，张居正掌权期间，一向没有重用海瑞。
万历十年，张居正病逝，万历皇帝亲政，他清算了张居正的罪过，然后重用海瑞为南京都察院右佥都御史，这是个虚职，没有任何实权。万历的意思也很清晰：重用你，便是要让他人看到我勇于委任他人不必的官，不需要你干事，你坐在那个方位上摆摆姿态就好了。但海瑞可不这么想。一上台就又开端整理官场，弄得官吏们十分恶感。他在同僚里没有一个朋友，上班下班，从来没有任何人和他打过招待聊过天。万历十五年，73岁的海瑞死在任上。一切官吏好像都十分高兴，朝廷给他很高的荣耀：赐谥忠介，追赠太子太保。
这便是清官海瑞的“特殊升职”。海瑞不贪婪，过着清贫的日子，这很可贵。但他还不能算作政治家，甚至连当官他也不合格。由于他缺少最基本变通认识，无法融入到其时的官僚体系中，缺少同僚的支撑。终其一生，他仅仅作为一个特殊存在着，就像架子上的花瓶，作为一种点缀，对整个架子的歪与正起不到任何效果。
