尽管吉林尽管面积大，但由于清王朝对吉林实施封禁方针，制止汉人到此拓荒。所以除了八旗兵外，其时只要少数的渔猎民族居住在吉林。清朝将这些民族统称为“边民”。由于这些区域的交通实在是不方便，清王朝关于这些边民采纳特别的办理准则。
内行政准则上，清朝关于边民采纳姓长准则，即保存当地边民原始的聚落形状。其时东北渔猎民族的聚落安排首要分为两级，满语称作“哈拉”和“噶珊”。哈拉的长官汉语称作姓长，噶珊的长官汉语称作乡长，姓长和乡长一般由清廷直接录用。
由于聚落的形状没有打破，所以各个哈拉和噶珊之间难免会发生抵触，这个时分就需要吉林将军从中谐和，假如抵触规划较大的话，还有必要呈报给皇帝处理。
由于这些渔猎部落出产力低下，因而清朝关于他们不像控制内地那样直接收取税收，而是实施贡貂赏乌林准则。贡貂即清朝政府规则边民每户每年有必要要向朝廷上贡貂皮一张赏乌林指的是关于准时上贡貂皮的边民，清朝政府予以恩赐。
吉林将军其时的一大责任便是担任整个贡貂赏乌林准则的履行。但由于吉林区域面积太大，清廷又录用三姓副都统帮忙吉林将军办理吉林区域的贡貂赏乌林准则。
为了保证贡貂赏乌林准则的有用运转，清朝于康熙四十八年安排官员对黑龙江下流以及库页岛区域进行实地调查。这次调查的效果后来成为制作《皇舆全览图》的首要数据来历，这也充分说明了黑龙江下流包含库页岛在内，自古以来便是我国的疆域。
到了嘉庆今后，清朝国力日渐式微。俄国趁此机会，加紧了对东北区域的侵略。
一八四七年，俄国录用穆拉维约夫为新一任东西伯利亚总督。穆拉维约夫就任后开端拟定侵略我国东北的方案，并明确提出“有必要占有黑龙江口和河口对面的萨哈林及黑龙江左岸”。从一八五二年开端，俄国趁着清朝内争无暇北顾之际，差遣装备探险队侵入黑龙江下流以及库页岛区域，并在此树立了数个装备哨卡。
一八五八年，趁着清朝与英法联军作战之际，穆拉维约夫逼迫清朝黑龙江将军签定《瑷珲公约》。依据《瑷珲公约》的内容，除了割让黑龙江以北外兴安岭以南的大片疆域给俄国外，乌苏里江以东包含库页岛在内归于吉林将军辖区的广阔疆域归中俄共管。
凭借着公约中所谓的“中俄共管”，俄国派人大举侵略乌苏里江以东以及库页岛在内的大片我国疆域，并在此建立一系列组织。
1860年俄国决议趁此机会，以居中调停清朝与英法抵触为名，逼迫清政府签定新的不平等公约。终究中俄两边签定了《中俄北京公约》，依据公约内容，本来归于吉林辖区的乌苏里江以东包含库页岛在内的疆域割让给俄国。
至此之后，吉林从一个滨海大省变成了离大海最近的内陆省。
参军府到行省——吉林省的诞生
满洲入关控制华夏后，东北区域的人口数量锐减。而满洲贵族出于对汉人的不信任，对广阔的东北区域采纳封禁方针。从顺治十八年开端，清朝在原明朝辽东边墙的基础上修建了柳条边墙，以防汉人进入。而吉林正好坐落柳条边墙之外。因而清朝前期吉林区域的汉人的数量十分少。
八旗兵归于清朝的军事体系，而省、府、县这些行政单位归于民政体系，由于清初吉林区域汉人较少，没有设置像样的府县，也就没有必要在吉林设置民政体系。所以清朝初年并没有将吉林设置为行省，而是设置成军府，即咱们所说的将军辖地。
