但跟着人口的增多，内地的人地对立越来越大。所以很多山东、山西以及河北区域的汉族农人冲过柳条边，到吉林区域久居开荒。为了办理日益增多的汉人，清朝决议在吉林建立民政体系。雍正四年清廷设置永吉州以及泰宁县、长宁县，这是清朝在吉林省内设置的榜首批州县。
到1840年之前，吉林省内现已有了吉林厅、长春厅以及伯都纳厅三个直归于吉林将军统辖的厅。这三个厅和其时的府相似，归于民政体系的行政单位。
在《瑷珲公约》和《中俄北京公约》签定后，面临俄国的侵略，清政府开端对吉林实施移民实边的方针，鼓舞内地流散到吉林开荒。甲午战役后，清政府完全废弃吉林封禁方针，向汉人敞开整个吉林。一时间大批内地的汉族农人涌入吉林，汉人在吉林的人口比例逐渐上升，成为吉林的主体民族。
为了办理汉人，清政府在吉林新设置了很多的州县。至光绪三十二年，吉林境内现已设有1 道、5 府、7 厅、3 州、9 县。民政体系添加的一起，八旗军的位置逐渐下降。清政府认识到吉林区域的军府准则现已不利于吉林开展，所以在光绪三十三年，也便是公元一九零七年，正式废弃吉林将军，将吉林的行政组织改为同内地相同的行省制，吉林省最高长官称巡抚，至此现代意义上的吉林省正式诞生。
