除此外，因为工作人员中有非专业人员，在处理文物时，不小心给精巧详尽的文物形成损坏也不少。
特别是一些纸质书本，原本刚出土时，就没有得到精心的维护，再加上长时间装在纸箱里，放在研讨室里，所以风化起来很严重。
文物的丢失，现已让人很心痛了。那么，万历皇帝和两位皇后的骸骨，会得到逃过吗?
据其时参加开掘的工作人员回忆说，翻开棺椁后，万历皇帝和两位皇后的尸身现已腐朽，但骨架无缺，且头发尚有光泽。
但是不久后，正逢上文明大革新，万历皇帝和两位皇后的骸骨也未能逃过一劫。
在红卫兵的安排下，他们将万历皇帝和两位皇后的骸骨堆积在广场上，一起又将帝后的画像等一并和骸骨堆积在一起。在这场大张旗鼓的批斗会上，在一阵喧嚣的革新标语后，红卫兵们纷繁用石头狠狠砸向帝后的骸骨。很快，帝后的骸骨就成了残骸。
就在此刻，人群中有人忽然尖声叫道：“为了革新完全，烧了它们。”
人群也跟着兴奋不已，以为不如此，就是革新不完全。所以他们找来柴草堆积在3具残骸上，并燃起了熊熊大火。
火焰像很多火蛇相同紧紧包围住残骸。不久后，残骸和草木灰便混为一团，再也分不清互相了。
