日本来朝，使朱元璋大为欣慰，但邦交并没有由此确立，因为明使没有见到正牌的“日本国王”，两次三番打交道的怀良亲王只是地方首脑，并不能代表日本朝廷。而正在经受南北战乱的日本也根本无力制止愈演愈烈的倭寇活动，这也令明朝大失所望。此后双方为打开外交僵局做了种种尝试，但最终都没有实质性的突破。
1387年10月，宁波卫所指挥林贤被捕，经审查他与六年前因谋反案被诛杀的胡惟庸有交集，连带牵扯出前日本使者瑶藏主有资助胡、林谋反的嫌疑，这使朱元璋对日本更加嫌恶，断然中止一切往来，并全力实行海禁。原本举步维艰的中日关系雪上加霜。
