没有了后勤补给的制约，加之两位将领吸取了以往的教训，秦军势如破竹，很快就击溃了瓯越的反抗力量，其首领在战斗中被杀死，秦军顺利占领了广西地区。随后任嚣、赵佗乘胜继续向南进击，击溃了那里的雒越，占领了今越南北部地区。至此，秦军彻底征服了岭南地区的越族，始皇很快就在那里设立了桂林、南海、象郡，把岭南正式纳入秦王朝的版图。
秦军南平百越，对中国历史产生了极为深远的影响。
首先，奠定了中国疆域的基础。在秦统一之前，百越虽然与中原王朝有有接触，但从来未曾有过相互间的行政统属。秦军占领这一地区后，始皇在这里设立了三郡，纳入秦王朝的行政管辖之下。此后的历代中央政府，都把这里视为中华版图不可分割的一部分，一旦有叛乱发生，立即出兵平叛，维护国家统一。所以说，正是这次征服，奠定了中国版图的南部疆界，为历代王朝树立了疆域标杆。
其次，大大促进了岭南地区的发展。秦军到达岭南之前，这里还是处于原始社会或奴隶社会的状态，秦军平百越后，在这里设立了郡县，大大促进了这里的社会发展进程。随秦军进入岭南的大批商人，将岭南的特产贩卖到中原，又将中原的先进生产工具和技术带到岭南，他们架起了中原和岭南经济交往的桥梁，提升了这里的经济水平和生产能力。后来，始皇再次向岭南移民，“谪治狱吏不直者，筑长城及南越地”。这次迁到岭南的多是被贬的官员，他们本身有着较高的文化和法律素养，这在很大程度上提高了那里的行政水准。除了这两次移民外，始皇还进行过一次大规模的妇女移民。当时，征伐百越的士兵大多就地安置，在那里成家立业，相对于秦军的数量来说，当地的妇女数量有限。因此赵佗向始皇上书要求迁移三万名妇女，以解决秦军士卒的配偶问题。后来始皇答应调集一万五千名妇女，这批人不久之后就到达了岭南。
经过前后三次大规模的移民，大批的商人、农民、手工业者和官吏定居在岭南地区，再加上五十多万秦军，整个岭南地区的秦人数量约有百万之多，他们带去了先进的经营方式、生产技术和管理方法，大大促进了岭南地区的社会经济发展。
再次，大大加速了民族融合的进程。上文说到，几次迁徙之后，约有百万秦人进入了岭南与当地的越人杂居共处，这其中的大多数都是未婚男子。他们安置下来后，就在当地娶妻生子，通婚后的各族，心理、文化、习俗上的隔阂都大大减小，这就大大加快了民族融合的进程。到东汉时期，当地的越族大多已融入汉族，成为中华民族血液中不可分割的组成部分。
总之，南平百越是始皇统一大业的重要组成部分，对中国历史产生了积极而深远的影响。岭南从此之后正式纳入了中国的版图，越族也正式成为中华民族大家庭的一员。这次征服对促进汉越民族的融合、促进岭南社会经济和文化的发展起到了极大的推动作用，也从地域、文化等方面奠定了中国统一的多民族国家的基本格局。
