这些西北军的将领们都是粗人,比董卓更加不会管理朝政,并且他们内部也矛盾重重。兴平二年(195)李傕杀死樊稠,随即和郭汜对攻。为了证明自己行为的正当性,他派人把小皇帝从内宫拖出来,送到自己营中。郭汜针锋相对,扣留了几乎全部朝臣。一连几个月的混战,死伤数万人,长安城也变成了一片白地。
六月底,镇东将军张济带兵回到雒阳,声称调停李郭二人的争斗,并希望让皇帝远离战场,出关前往弘农郡。于是七月间,献帝在西北军将领杨定、杨奉、董承(董太后的侄子)等人的护送下,离开长安,向东方行进。才走了不远,李傕、郭汜就率兵前来追赶。杨奉等人匆匆逃命,士兵们趁机劫掠财物,中饱私囊。
献帝伏皇后的哥哥抱着几匹绢帛,被董承看见了,让士兵上去乱刀将其砍死,夺走了绢帛,鲜血溅了旁边的伏皇后一身。逃到黄河岸边,岸高十丈,董承无奈,只好撕了绢帛,接成绳子,让人背着皇帝、皇后缘绳而下。
黄巾主力被消灭以后,仍有许多残部在各地活动,或号黑山,或号白波,趁着动乱逐渐强大起来。杨奉联络上白波帅李乐、韩暹、胡才,以及南匈奴右贤王去卑、宁辑将军段煨等人,终于把李傕、郭汜的追兵打败,然后狼狈逃入雒阳。雒阳城中连一座像样的房子都没有,天子、百官,都只好露宿街头。
可是很快的,韩暹、董承等人又对打了起来。议郎董昭给献帝出主意,要他下诏命兖州刺史曹操前来救驾。其实类似诏命早就发过无数次了,关东各势力正在恶战不休,谁都不肯搭理天子,只有这次,曹操得到诏书,立刻亲自领兵前来。就这样,献帝又落到了曹操的手中。